Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 99.5% | 267.1 / ‑3.7 | 186 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (105/80); total (105/81) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
CCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑G‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAC > NC_002947/4585933‑4586175 | ccGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑Ga < 1:3884848/125‑1 (MQ=38) cGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GA‑c < 2:3884849/125‑1 (MQ=38) ggCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GA‑cc < 1:3884851/125‑2 (MQ=38) cGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GA‑ccgt > 2:3885112/1‑122 (MQ=38) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GA‑ccgtg > 2:3885097/1‑121 (MQ=38) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GA‑ccgtgc > 1:3885269/1‑120 (MQ=38) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GA‑ccgtgc > 1:3884982/1‑120 (MQ=38) gAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGcc < 1:3884855/125‑1 (MQ=38) gAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGcc > 1:3885014/1‑125 (MQ=38) aaCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCAGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCg > 2:3884997/1‑125 (MQ=38) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTTAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCgg < 2:3884856/125‑1 (MQ=37) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGc < 1:3884858/125‑1 (MQ=38) gCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCt < 2:3884860/125‑1 (MQ=38) cTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCtt > 1:3885053/1‑125 (MQ=38) cTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATg < 2:3884862/125‑1 (MQ=38) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATg > 2:3885392/1‑124 (MQ=38) gcgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATgcg < 2:3884865/125‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATgcgg < 1:3884866/125‑1 (MQ=38) gctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTCTCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAGTgcggc > 1:3885226/1‑125 (MQ=37) ctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATgcggcg > 1:3885154/1‑125 (MQ=38) ctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATgcggc > 2:3884959/1‑124 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCGGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTACTACCGGG‑GACCGTGCCGGGCTTGAATCCGGCGCt > 2:3885215/1‑124 (MQ=37) tCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGc > 1:3885203/1‑125 (MQ=38) tCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGc > 1:3885090/1‑125 (MQ=38) cATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGccc > 2:3884925/1‑125 (MQ=38) aTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGcccc < 2:3884869/125‑1 (MQ=38) aTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGcccc > 1:3884946/1‑125 (MQ=38) ttGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCt < 1:3884870/125‑1 (MQ=38) tGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg < 1:3884872/125‑1 (MQ=38) tGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg > 1:3885181/1‑125 (MQ=38) aaaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt < 1:3884875/125‑1 (MQ=38) aGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAACCCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 2:3884876/122‑1 (MQ=38) gTTTAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGa > 1:3885095/1‑125 (MQ=37) gTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg > 2:3885009/1‑123 (MQ=37) tGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGc > 2:3885131/1‑125 (MQ=38) tGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGc < 2:3884879/125‑1 (MQ=38) gAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCg < 1:3884880/125‑1 (MQ=38) gATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg > 1:3885016/1‑124 (MQ=38) aTGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg > 1:3885217/1‑122 (MQ=37) tGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGttt < 1:3884883/125‑1 (MQ=38) gACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTa > 1:3885083/1‑125 (MQ=37) gACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTa < 2:3884884/125‑1 (MQ=37) gACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTa > 2:3885163/1‑125 (MQ=37) ccGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAcc < 1:3884886/125‑1 (MQ=37) cGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAccc < 2:3884889/125‑1 (MQ=37) gggTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTTAGCGGGCCGGCCTCTTCGC‑G‑GTTAAACCCGCTCCTACCAGGATC‑CGTGCTGGCCTTGAATgcggc < 2:3884891/96‑1 (MQ=21) gggTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcg > 2:3885240/1‑125 (MQ=37) ggTGCTTGGCAGGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAccc > 2:3885155/1‑123 (MQ=37) gTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGCATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg > 1:3885147/1‑125 (MQ=37) gTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg > 1:3885121/1‑125 (MQ=37) gTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 2:3885149/1‑124 (MQ=37) tGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 2:3885020/1‑123 (MQ=37) tGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGa < 1:3884893/125‑1 (MQ=37) cTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GCG‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGa > 2:3885069/1‑123 (MQ=37) ttGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga > 2:3885143/1‑125 (MQ=37) tGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 1:3884895/125‑1 (MQ=37) cAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggcc > 2:3884981/1‑125 (MQ=37) aaGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg > 2:3885283/1‑125 (MQ=37) aaGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggcag < 1:3884897/125‑3 (MQ=37) aGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGCTTACCCGCGAAGAggccgg > 1:3885164/1‑125 (MQ=37) tGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccggcc > 2:3885119/1‑124 (MQ=25) tGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGgccggccg > 1:3885349/1‑125 (MQ=37) tGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCGCCTACCATG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGgccggccg < 1:3884899/125‑1 (MQ=37) aGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCgcgc > 1:3885546/1‑125 (MQ=37) aTCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCa < 2:3884901/125‑1 (MQ=37) tCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGC‑GACCGTGCCGGCCTTGATTGcgccgc > 2:3885281/1‑77 (MQ=17) ttGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGca < 2:3884903/125‑1 (MQ=37) ttGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGca > 1:3885171/1‑125 (MQ=25) ttGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGca < 1:3884904/125‑1 (MQ=37) tGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGcccc > 2:3885061/1‑80 (MQ=18) tGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg > 2:3885312/1‑103 (MQ=21) tGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGcac < 1:3884906/125‑1 (MQ=37) aTTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTTCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAGGAGGCCGGCcgcg > 2:3885190/1‑115 (MQ=25) ttGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCa > 1:3885038/1‑125 (MQ=37) gATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCaa < 2:3884909/124‑1 (MQ=37) gATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAc > 1:3885128/1‑125 (MQ=37) gATCGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAc > 1:3885099/1‑125 (MQ=37) 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ccggccTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGa < 1:3884913/125‑1 (MQ=37) ggccTCTTCGCGG‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGAt < 2:3884920/124‑1 (MQ=37) cgg‑g‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCACGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAAt < 1:3884922/123‑1 (MQ=255) gg‑g‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAAtc > 2:3885052/2‑125 (MQ=255) gg‑g‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACACCAACCCGCAGATGCAGCCGCAAtc < 2:3884914/124‑1 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTcc > 2:3885204/1‑125 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCg < 1:3884924/125‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCca < 1:3884926/125‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCca > 1:3885073/1‑125 (MQ=255) cGCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGCGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCca > 2:3885302/1‑123 (MQ=255) gCTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCacac < 1:3884929/125‑1 (MQ=255) cTCCTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACt > 1:3885262/1‑125 (MQ=255) cTACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAt < 1:3884931/125‑1 (MQ=255) tACCAGG‑TACCGTGCCGGCCTTGATTGCGGCGCTGCCCCTGGGAGGAGAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAtc < 2:3884933/125‑1 (MQ=255) tACCAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAtc < 1:3884934/125‑1 (MQ=255) ccAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAtctc > 1:3885341/1‑125 (MQ=255) cAGG‑GACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCa < 1:3884937/125‑1 (MQ=255) | CCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑G‑G‑TAAACCCGCTCCTACCAGG‑GA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAC > NC_002947/4585933‑4586175 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |