Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 98.5% | 215.8 / 3.2 | 195 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base C (100/92); total (100/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
AACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑CC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCG > NC_002947/1126521‑1126764 | aCAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑c > 1:1064554/1‑125 (MQ=255) aCAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGATAAA‑c < 2:1064062/125‑1 (MQ=255) cAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑cc > 1:1064280/1‑125 (MQ=255) aGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑ccc < 1:1064063/125‑2 (MQ=255) gTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑cccgc < 2:1064066/125‑4 (MQ=255) tCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑cccgct < 2:1064068/125‑5 (MQ=255) cGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑cccgctc < 1:1064071/125‑6 (MQ=255) aaGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCt > 1:1064108/1‑125 (MQ=255) aGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑CCAGCTCCTa < 1:1064073/125‑1 (MQ=255) gACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTac < 1:1064075/125‑1 (MQ=255) gACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTa < 2:1064076/124‑1 (MQ=255) aCGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTaca > 2:1064347/1‑125 (MQ=255) cTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACag > 1:1064289/1‑125 (MQ=255) tCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACaga < 2:1064079/125‑1 (MQ=255) cAGTGACATGTGGGCCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGTGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACagag < 2:1064081/125‑1 (MQ=255) gTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGcc > 1:1064352/1‑125 (MQ=255) 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tGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCGCCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatcga < 2:1064143/113‑1 (MQ=255) tGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGca < 2:1064147/125‑1 (MQ=255) tGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGca > 2:1064260/1‑125 (MQ=255) cGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGcaca > 2:1064237/1‑125 (MQ=255) gAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACAcc > 2:1064507/1‑125 (MQ=255) gAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACAcc > 2:1064306/1‑125 (MQ=255) ggTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAg < 1:1064149/125‑1 (MQ=255) ggTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAg > 1:1064432/1‑125 (MQ=255) taGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTg < 1:1064151/125‑1 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGTAGGCGCACACCAGGTTGCgg > 1:1064257/1‑125 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCgg > 1:1064401/1‑125 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCgg > 1:1064332/1‑125 (MQ=255) caccaTCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGt > 1:1064366/1‑125 (MQ=255) caccaTCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGt > 1:1064626/1‑125 (MQ=255) accaTCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc > 1:1064414/1‑125 (MQ=255) ccaTCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCg < 2:1064154/125‑1 (MQ=255) ccaTCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCg > 2:1064464/1‑125 (MQ=255) aTCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGcc < 1:1064156/125‑1 (MQ=255) tCGCATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCg < 2:1064158/125‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAaca < 1:1064159/125‑1 (MQ=255) tCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACg < 1:1064161/125‑1 (MQ=255) ggTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc < 1:1064164/125‑1 (MQ=255) ggTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc > 1:1064344/1‑125 (MQ=255) gTAAACCC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCg < 1:1064166/125‑1 (MQ=255) | AACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑CC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCG > NC_002947/1126521‑1126764 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |