| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,035 | +G | intergenic (+118/+97) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,033 | 1 | . | G | 98.4% | 64.8 / ‑3.4 | 64 | intergenic (+116/+99) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (17/46); total (18/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
AGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGAT > NC_002947/4585917‑4586144 | aGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGC‑gggtaaa < 2:3399162/124‑6 (MQ=255)aGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGC‑gggtaaa < 2:3399161/124‑6 (MQ=255)aGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGC‑gg > 1:3399260/1‑119 (MQ=255) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAcc < 1:3399167/124‑1 (MQ=255) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAcc < 2:3399163/124‑1 (MQ=255) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAc < 2:3399166/123‑1 (MQ=255) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAc < 2:3399165/123‑1 (MQ=255) tAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCg > 1:3399213/1‑124 (MQ=255) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAcc < 1:3399169/120‑1 (MQ=255) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGc < 1:3399168/123‑1 (MQ=255) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCt > 1:3399221/1‑124 (MQ=255) cACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 1:3399170/123‑1 (MQ=255) aCGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa < 2:3399172/124‑1 (MQ=255) aCGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa < 1:3399171/124‑1 (MQ=255) gCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCa > 1:3399216/1‑124 (MQ=39) ggCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑c < 2:3399173/124‑1 (MQ=255) ggCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑c < 1:3399174/124‑1 (MQ=255) gCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑cc < 2:3399175/124‑2 (MQ=38) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCCAGGG‑A‑c < 2:3399176/120‑1 (MQ=38) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑ccgtg < 1:3399177/124‑5 (MQ=38) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCgg < 2:3399178/123‑1 (MQ=38) cTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCt < 1:3399179/124‑1 (MQ=38) gttatGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGATCAGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCTTTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCC‑GGTAAACCCg > 2:3399296/5‑97 (MQ=37) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTg < 2:3399180/123‑1 (MQ=38) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTgta < 2:3399181/124‑3 (MQ=38) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGaa < 2:3399183/122‑1 (MQ=38) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATg < 2:3399182/124‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGTTCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATgc < 2:3399184/123‑1 (MQ=37) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATgc < 1:3399185/123‑1 (MQ=38) ctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATgcgg < 2:3399186/123‑1 (MQ=38) tgctCCATTGAAAGGTTGAGGATTACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATgcggc < 2:3399187/123‑1 (MQ=37) cATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGcc > 1:3399239/1‑124 (MQ=38) cATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGc < 2:3399188/123‑1 (MQ=38) ttGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGcccc < 2:3399189/124‑1 (MQ=38) tGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCt < 1:3399190/124‑1 (MQ=38) gAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg < 2:3399191/124‑1 (MQ=38) ggTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTa < 1:3399193/123‑1 (MQ=38) ggTTGAGGATGACCGGGTGCTGGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt < 1:3399192/122‑1 (MQ=37) gTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGcccc < 2:3399195/117‑1 (MQ=37) gTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAgg < 2:3399194/124‑1 (MQ=38) gTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg < 1:3399196/123‑1 (MQ=38) ttGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt > 2:3399272/1‑120 (MQ=38) tGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTa < 2:3399197/120‑1 (MQ=38) gAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGcccc > 1:3399318/1‑114 (MQ=37) gATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 2:3399198/124‑1 (MQ=38) aTGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGt < 1:3399200/124‑1 (MQ=37) aTGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGt < 1:3399199/124‑1 (MQ=37) tGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:3399237/1‑70 (MQ=25) tGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg > 1:3399219/1‑121 (MQ=38) aCCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATTCGGCGCTGccc > 2:3399268/1‑106 (MQ=25) aCCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGttt < 2:3399201/123‑1 (MQ=37) aCCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGtt < 2:3399202/122‑1 (MQ=37) cGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:3399203/123‑1 (MQ=37) tGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAag < 2:3399204/123‑1 (MQ=37) gCAAGGTGAAGATCTTGCTGTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 2:3399206/123‑1 (MQ=25) gCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGCC‑CGCGTCGCCCTTGAATg > 2:3399299/1‑83 (MQ=17) gCAAGGTGAAGATCGTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑GTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg < 1:3399205/124‑1 (MQ=25) aaGGTGAAGCTCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg > 1:3399286/1‑95 (MQ=25) gATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGACTGCGGCGCTGccc > 1:3399287/1‑84 (MQ=18) gATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCcgcg < 2:3399207/123‑1 (MQ=25) cATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCt < 1:3399208/60‑1 (MQ=11) tGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCACTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGCATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAg > 1:3399228/1‑117 (MQ=25) ggccggccTC‑TTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAc < 2:3399209/120‑1 (MQ=25) ggccTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCg > 2:3399231/1‑119 (MQ=25) ggccTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAg > 2:3399223/1‑122 (MQ=37) ggccTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGAt > 2:3399215/1‑124 (MQ=37) ggccTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGCTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGAt > 2:3399226/1‑124 (MQ=37) | AGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGAT > NC_002947/4585917‑4586144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |