| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,958,523 | C→T | A428V (GCA→GTA) | PP_2589 → | aldehyde dehydrogenase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,958,523 | 0 | C | T | 98.4% | 329.6 / NA | 124 | A428V (GCA→GTA) | PP_2589 | aldehyde dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (68/54); minor base G (0/2); total (68/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGCAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGG > NC_002947/2958403‑2958641 | gtgtCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGc < 1:2226779/124‑1 (MQ=255) tgtCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGcc < 1:2226781/124‑1 (MQ=255) gtCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGc > 1:2226924/1‑122 (MQ=255) cgggCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGgt > 1:2226946/2‑124 (MQ=255) aGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCg > 1:2226935/1‑122 (MQ=255) aGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGgt > 1:2227023/1‑124 (MQ=255) aGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGgt > 1:2226938/1‑124 (MQ=255) ggCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGgtgt < 1:2226783/124‑1 (MQ=255) ggCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGgtg < 1:2226784/123‑1 (MQ=255) ggCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGgtc < 1:2226782/123‑2 (MQ=255) ccGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGgtgt > 2:2226911/1‑122 (MQ=255) ccGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTgg < 2:2226785/124‑1 (MQ=255) cGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGgtgt > 2:2226908/1‑121 (MQ=255) gCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAg < 2:2226787/124‑1 (MQ=255) cATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGc > 2:2226969/1‑124 (MQ=255) cATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGc > 1:2226930/1‑124 (MQ=255) aTGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGACGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGc > 1:2226886/1‑123 (MQ=255) 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ccAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACCCAGTCGCTgc > 2:2227181/1‑115 (MQ=255) gACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGTGGGCGTTGAAAGCCGGTAGCGTATCGGTGACCACAGTCGATGCGCTGGATGTGAc < 1:2226830/122‑1 (MQ=255) gACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACgg < 1:2226829/124‑1 (MQ=255) cAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTg > 2:2227031/1‑124 (MQ=255) aGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGc > 1:2227079/1‑124 (MQ=255) cATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGc < 2:2226831/75‑1 (MQ=255) cATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCt > 2:2227188/1‑108 (MQ=255) cATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCg < 1:2226833/124‑1 (MQ=255) cATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTAAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTga < 1:2226832/122‑2 (MQ=255) aTCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGcc > 2:2226973/1‑122 (MQ=255) tCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGcc > 2:2226920/1‑121 (MQ=255) tGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATgcgc > 2:2227087/1‑101 (MQ=255) ggCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCg < 2:2226834/121‑1 (MQ=255) gCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTgg > 1:2226987/1‑124 (MQ=255) ccTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTggg < 2:2226836/124‑1 (MQ=255) | GTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGCAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGG > NC_002947/2958403‑2958641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |