Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,499,497 | 1 | . | C | 70.3% | 80.3 / 211.3 | 195 | intergenic (+74/‑90) | trpS/zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (14/44); new base C (78/59); total (92/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.61e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCACG‑CC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAA > NC_002947/1499373‑1499610 | aTGCGGCCATTCAGAGCCTGAATGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCTCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttc < 2:1562793/125‑2 (MQ=37) aTGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttc < 1:1562794/125‑2 (MQ=255) aTGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttc > 2:1563054/1‑124 (MQ=255) gCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttcg < 2:1562796/124‑3 (MQ=255) ggCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttcgcgg < 1:1562798/125‑6 (MQ=255) ggCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttcgcgg > 1:1563175/1‑120 (MQ=255) ttCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc > 2:1563208/1‑124 (MQ=25) agagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCCGGACTGAGCCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑ccc > 2:1563135/1‑124 (MQ=21) agagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAcg‑ccc < 2:1562803/125‑2 (MQ=25) agagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAcg‑cc < 1:1562804/124‑1 (MQ=21) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAcg‑cccgc > 2:1562997/1‑121 (MQ=21) cTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑ccc > 2:1563011/1‑119 (MQ=21) cTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTcc > 2:1563068/1‑125 (MQ=18) gAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTCCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTccc > 1:1563104/1‑124 (MQ=18) aaCGAAGCCTTGGCACGACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGTCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACG‑CCTGCTCCcac > 2:1563064/1‑125 (MQ=18) aCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCcac > 2:1563004/1‑124 (MQ=18) cGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCTCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCcaca > 2:1563091/1‑124 (MQ=18) aGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACTGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGAc < 2:1562807/124‑1 (MQ=18) aGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACt < 1:1562808/125‑1 (MQ=18) aGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACt > 1:1562973/1‑125 (MQ=18) ccTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACt > 1:1563076/1‑123 (MQ=18) ccTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGa > 1:1563044/1‑125 (MQ=18) ccTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGa < 1:1562810/125‑1 (MQ=18) ttGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGAtt > 1:1563147/1‑125 (MQ=18) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTg < 2:1562814/124‑1 (MQ=18) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGACACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGc < 1:1562813/125‑1 (MQ=18) caccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGcc > 1:1563396/1‑124 (MQ=18) caccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCa < 1:1562817/125‑1 (MQ=18) acaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTaa > 1:1562951/1‑125 (MQ=18) acaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATAGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTaa > 1:1563127/1‑125 (MQ=18) cagcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGc < 1:1562819/118‑1 (MQ=17) gcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCg > 2:1562971/1‑125 (MQ=18) gcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGc < 2:1562820/124‑1 (MQ=18) gcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGc < 2:1562822/124‑1 (MQ=18) cagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGc > 2:1563125/1‑123 (MQ=18) ggACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCgg < 2:1562825/123‑1 (MQ=18) ggACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGc < 1:1562826/125‑1 (MQ=18) gACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGcc > 1:1563155/1‑125 (MQ=18) aCTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTGAGCGGGcc > 1:1563350/1‑124 (MQ=18) aCTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCt < 2:1562830/125‑1 (MQ=18) cTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAATAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGcc > 1:1563051/1‑123 (MQ=18) cTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTa < 1:1562831/125‑1 (MQ=18) gAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATc > 2:1563210/1‑125 (MQ=18) gAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATc < 1:1562834/125‑1 (MQ=18) ggCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGc < 1:1562836/125‑1 (MQ=18) ggCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGc > 2:1563109/1‑125 (MQ=18) ggCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGc < 2:1562837/125‑1 (MQ=18) gCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCAt > 2:1563180/1‑108 (MQ=14) cTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTa < 1:1562840/125‑1 (MQ=18) gCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTa < 2:1562841/123‑1 (MQ=18) cAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAg < 2:1562843/124‑1 (MQ=18) aaaCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTaa > 2:1563252/1‑105 (MQ=14) aaaCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACa < 2:1562845/122‑1 (MQ=18) aaCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGa < 1:1562848/125‑1 (MQ=18) cGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACg < 1:1562850/125‑1 (MQ=18) ggAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCg < 1:1562853/125‑1 (MQ=18) gAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGccc < 2:1562854/123‑1 (MQ=18) gAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCg > 2:1563116/1‑124 (MQ=18) gAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGt < 1:1562856/125‑1 (MQ=18) gagggCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTg > 2:1563139/3‑114 (MQ=18) gCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGttt > 2:1563039/1‑125 (MQ=21) gggCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGttttt < 2:1562860/125‑1 (MQ=21) gggCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGttttt < 2:1562858/125‑1 (MQ=21) gCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGttttt > 2:1563186/1‑123 (MQ=21) cGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGtttttt < 2:1562862/123‑1 (MQ=21) gTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTttgtt < 2:1562866/125‑1 (MQ=21) gTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTttgtt < 1:1562864/125‑1 (MQ=21) gCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTttgttg < 1:1562868/124‑1 (MQ=21) cccGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGcc > 1:1563071/1‑125 (MQ=25) ccGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCt < 1:1562870/125‑1 (MQ=25) 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gTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTc > 1:1563140/1‑125 (MQ=37) gTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTc > 2:1563028/1‑125 (MQ=37) gCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTccc > 1:1563246/1‑125 (MQ=37) tggcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCtt > 2:1563295/7‑124 (MQ=37) tggcaccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCtt > 2:1563077/7‑124 (MQ=37) ggcaccGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAg < 1:1562896/120‑1 (MQ=37) accGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGaa < 2:1562894/122‑1 (MQ=38) accGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGaa > 1:1562987/3‑124 (MQ=38) ccGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAAc < 2:1562891/123‑1 (MQ=38) ccGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAAc < 1:1562890/123‑1 (MQ=38) cGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACg < 2:1562897/124‑1 (MQ=38) gCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTa < 1:1562900/125‑1 (MQ=38) tttGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAg > 2:1563171/1‑116 (MQ=38) tttGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATc < 2:1562901/125‑1 (MQ=38) tGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTAt < 2:1562903/122‑1 (MQ=38) tGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCaa > 2:1563154/1‑125 (MQ=39) tGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCaa < 2:1562905/125‑1 (MQ=39) ccGGTGTTCG‑CGGGCACGCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGcc > 2:1563213/1‑53 (MQ=14) | GATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCACG‑CC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAA > NC_002947/1499373‑1499610 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |