| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,499,498 | 1 | . | G | 29.2% | 110.9 / 286.4 | 195 | intergenic (+75/‑89) | trpS/zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (79/59); new base G (13/44); total (92/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.37e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGT‑T‑T‑CGGGCACG‑C‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAA > NC_002947/1499383‑1499610 | ttCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCAcg > 1:1562921/1‑125 (MQ=25) tCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCAcg‑c < 1:1562801/125‑1 (MQ=25) agagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCCGGACTGAGCCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCAcg‑c‑cc > 2:1563135/1‑124 (MQ=21) agagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCAcg‑c‑c < 1:1562804/124‑1 (MQ=21) gagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGACACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCAcgaccg > 1:1563047/1‑121 (MQ=25) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCAcg‑c‑ccgc > 2:1562997/1‑121 (MQ=21) cTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCAcg‑c‑cc > 2:1563011/1‑119 (MQ=21) cTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTcc > 2:1563068/1‑125 (MQ=18) tGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTccc > 1:1563138/1‑125 (MQ=18) aaCGAAGCCTTGGCACGACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGTCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACG‑C‑CTGCTCCcac > 2:1563064/1‑125 (MQ=18) aCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCcac > 1:1562989/1‑124 (MQ=18) aCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCcac > 2:1563004/1‑124 (MQ=18) cGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAg < 2:1562805/125‑1 (MQ=18) cGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGCTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAg > 2:1563090/1‑125 (MQ=18) aaGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGAc > 1:1563262/1‑125 (MQ=18) aGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACt < 1:1562808/125‑1 (MQ=18) gCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTg > 2:1563025/1‑125 (MQ=18) ccTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGa < 1:1562810/125‑1 (MQ=18) cTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGa < 2:1562812/120‑1 (MQ=18) ttGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGTGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGAtt > 1:1563126/1‑125 (MQ=18) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGAt < 2:1562815/122‑1 (MQ=18) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGc > 1:1563088/1‑125 (MQ=18) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGACACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGc < 1:1562813/125‑1 (MQ=18) caccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGcc > 1:1563396/1‑124 (MQ=18) caccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGcc > 2:1563277/1‑124 (MQ=18) caccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCa < 1:1562817/125‑1 (MQ=18) accacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCAt > 2:1563190/1‑125 (MQ=18) cagcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGc < 1:1562819/118‑1 (MQ=17) 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gACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGcc < 2:1562827/125‑1 (MQ=18) gACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGcc > 2:1563149/1‑125 (MQ=18) aCTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑GGGGCACGCC‑C‑GCTGCCACAGACTg > 2:1563237/1‑106 (MQ=14) aCTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTGAGCGGGcc > 1:1563350/1‑124 (MQ=18) aCTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCt < 2:1562830/125‑1 (MQ=18) cTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTa < 1:1562831/125‑1 (MQ=18) gAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATc < 1:1562834/125‑1 (MQ=18) aGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATc > 2:1563335/1‑124 (MQ=18) ggCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGc < 1:1562836/125‑1 (MQ=18) ggCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGc < 2:1562837/125‑1 (MQ=18) cTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTa < 1:1562840/125‑1 (MQ=18) gCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTa < 2:1562841/123‑1 (MQ=18) 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aGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGa > 2:1563174/1‑125 (MQ=25) ggCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGTTTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGa < 2:1562879/124‑1 (MQ=25) ggCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAGCGaa > 2:1563080/1‑125 (MQ=25) gcgcCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAAt < 2:1562881/125‑1 (MQ=25) ccgcGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCa < 2:1562885/124‑1 (MQ=25) ccgcGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCAt > 2:1563049/1‑125 (MQ=25) cgcgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACg < 1:1562886/118‑1 (MQ=25) gTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACg > 2:1562960/1‑114 (MQ=25) gCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTccc > 1:1563141/1‑125 (MQ=37) aTGGCACCGGCTTGGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt < 2:1562889/124‑1 (MQ=25) tggcaccGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCtt > 2:1563077/7‑124 (MQ=37) ggcaccGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAg < 1:1562896/120‑1 (MQ=37) gcaccGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACG‑CGC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTGAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGa < 2:1562895/121‑1 (MQ=37) caccGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CTGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTTATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGaa < 1:1562898/122‑1 (MQ=37) caccGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGaa > 2:1563209/4‑125 (MQ=37) accGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAAc > 1:1563072/3‑125 (MQ=38) ccGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAAc < 1:1562890/123‑1 (MQ=38) cGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGc < 2:1562893/125‑1 (MQ=38) ggCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAAc < 2:1562899/122‑1 (MQ=38) gCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCt > 2:1563161/1‑124 (MQ=38) ttGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCa < 2:1562902/125‑1 (MQ=39) tGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCaa < 2:1562904/125‑1 (MQ=39) gCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCaa > 2:1563185/1‑124 (MQ=39) ccGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGCATc > 2:1563260/1‑99 (MQ=37) | TTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGT‑T‑T‑CGGGCACG‑C‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAA > NC_002947/1499383‑1499610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |