| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 378,220 | C→T | 11.3% | G400S (GGT→AGT) | gbcA ← | glycine‑betaine dioxygenase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 378,220 | 0 | C | T | 11.3% | 97.7 / 2.6 | 35 | G400S (GGT→AGT) | gbcA | glycine‑betaine dioxygenase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/16); new base T (2/2); total (17/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCTGCCGAAGCATGGCGGGTGCATCAGTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCGTGGAGTTGATCCCACGCTGGTTCTCTTCGGCCAGACGGCGGTCCTGGTCGTTGGTGGCGTCCCACACCTTGCGCATGTTCTCGGGGTTGTAGT > NC_002947/378093‑378354 | ctgctgCCGAAGCATGGCGGGTGCATCAGTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGt > 2:347089/1‑136 (MQ=255) tgcCGAAGCATGGCGGGTGCATCAGTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGt > 1:121759/1‑136 (MQ=255) ccGAAGCATGGCGGGTGCATCAGTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCt > 1:88970/1‑136 (MQ=255) tgattGGCGGGTGCATCAGTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGa < 2:258262/132‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGCATCAGTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATAc < 2:121759/136‑1 (MQ=255) cGGGTGCATCAGTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACggg < 2:170099/136‑1 (MQ=255) aTCAGTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACTAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGcg > 1:46392/1‑135 (MQ=255) aTCAGTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACTAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCt > 1:43132/1‑136 (MQ=255) tgTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGt < 1:483188/135‑1 (MQ=255) actGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCGt > 1:466997/1‑136 (MQ=255) 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cttTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCATGGAGTTGATCCCACg > 2:440956/1‑136 (MQ=255) tATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCGTGGAGTTGATCCCACGCTGGTtct < 2:331496/136‑1 (MQ=255) ggCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCGTGGAGTTGATCCCACGCTGGTTCTCtt > 1:376620/1‑136 (MQ=255) cgcCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGGACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCGTGGAGTTGATCCCACGCTGGTTCTCTTCg > 2:338548/1‑136 (MQ=255) gcCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCGTGGAGTTGATCCCCCGCTGGTTCTCTTCgg > 1:563385/1‑136 (MQ=255) ccccACCCGCCCGATGTACCAGTCAATTAAGTAAACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACAGGCCCGGCTGGTACGCCGTGGAGTTGATCCCACGCTGGTTCTCTTCGGCCAGACGGCGGTCCTGGTCGTtg < 1:93306/133‑1 (MQ=255) 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aTGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCGTGGAGTTGATCCCACGCTGGTTCTCTTCGGCCAGACGGCGGTCCTGGTCGTTGGTGGCGTCCCACACCTTGCGCATGt < 2:106788/136‑1 (MQ=255) accaAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCGTGGAGTTGATCCCACGCTGGTTCTCTTCGGCCAGACGGCGGTCCTGGTCGTTGGTGGCGTCCCACACCTTGCGCATGTTCTCGGGGTTGTAg < 2:318063/136‑1 (MQ=255) ccaAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCGTGGAGTTGATCCCACGCTGGTTCTCTTCGGCCAGACGGCGGTCCTGGTCGTTGGTGGCGTCCCACACCTTGCGCATGTTCTCGGGGTTGTAGt < 1:587337/136‑1 (MQ=255) | CTGCTGCCGAAGCATGGCGGGTGCATCAGTTACTACTGCGCCTGCACTTCTTTCAGGTATGGCGCCGGCTCTGCCCCCAGGTTGTTCAGCACGCGCCCGCTGTACCAGTCAATGAAGTTCACCACACCAAACTCGTAAGTCTTCGAATACGGGCCCGGCTGGTACGCCGTGGAGTTGATCCCACGCTGGTTCTCTTCGGCCAGACGGCGGTCCTGGTCGTTGGTGGCGTCCCACACCTTGCGCATGTTCTCGGGGTTGTAGT > NC_002947/378093‑378354 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |