Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,232,298 | A→G | 11.1% | N586N (AAT→AAC) | PP_4606 ← | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,232,298 | 0 | A | G | 11.1% | 89.8 / 4.6 | 37 | N586N (AAT→AAC) | PP_4606 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/10); new base G (2/2); total (23/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 |
GCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGATGTC > NC_002947/5232183‑5232426 | gcTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGAt < 1:326277/136‑1 (MQ=255) gcTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGAt > 1:449060/1‑136 (MQ=255) gcTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGAt > 1:437028/1‑136 (MQ=255) ttGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACGTTGCCGGTCAGCGGCGCGATgg > 1:427010/1‑136 (MQ=255) ttGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACGTTGCCGGTCAGCGGCGCGATgg > 1:430597/1‑136 (MQ=255) ttGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATgg > 1:290111/1‑136 (MQ=255) gATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAg > 1:165741/1‑136 (MQ=255) gATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAg > 1:622525/1‑136 (MQ=255) gtgATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCATGTTCCACCGAGGAGTAGAGCACGACATTGCAGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTTTAGc > 1:137077/1‑136 (MQ=255) gtgATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCg > 2:79236/1‑109 (MQ=255) gtgATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCg < 1:79236/109‑1 (MQ=255) gtgATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGc > 1:115895/1‑136 (MQ=255) cGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCAt > 1:158363/1‑136 (MQ=255) tGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAAc > 1:84488/1‑136 (MQ=255) tGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAAc > 1:632337/1‑136 (MQ=255) gcCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCTGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCTATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACt < 1:48673/136‑1 (MQ=255) gacctgCTCCCACGCTTTGCCCTCTTCCGTTGCCACCGAGGTGTCTATCACGATTTGGCCGGTGTGCGGGGTGATGGTCTTGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACt < 1:419521/131‑1 (MQ=255) ccACGCCTTGCCCTCCTCCGGTGCCACCGAGTAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACg < 2:252089/136‑1 (MQ=255) cGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATa > 2:475711/1‑136 (MQ=255) tGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGc > 2:113085/1‑136 (MQ=255) cccTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGt < 2:463013/136‑1 (MQ=255) tcctcAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAg > 1:620926/1‑136 (MQ=255) ctcAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACTTTGCCGGTCAGGGGCGCTATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGt < 2:303597/136‑1 (MQ=255) ctcAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGt < 2:449060/136‑1 (MQ=255) cAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGCGGTAc > 2:317396/1‑136 (MQ=255) cAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTAc > 2:172587/1‑136 (MQ=255) gTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACGTTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCa < 2:427010/136‑1 (MQ=255) gTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACGTTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCa < 2:430597/136‑1 (MQ=255) ccACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGc < 2:42529/136‑1 (MQ=255) ccGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTg > 2:170676/1‑136 (MQ=255) gaggagTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGc > 2:306770/1‑136 (MQ=255) aggagTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTATACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGcc < 2:155687/136‑1 (MQ=255) tCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGa < 2:632337/136‑1 (MQ=255) ccGAGCACGACATTGCGGGTCCGGGGGGCGTTGGGCGTGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGa < 1:224311/135‑1 (MQ=255) aGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGATGt > 1:443715/1‑136 (MQ=255) aGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCAGGCCACGGATGt > 1:669091/1‑136 (MQ=255) gCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGATGTc > 1:582446/1‑136 (MQ=255) | GCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACCGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGATGTC > NC_002947/5232183‑5232426 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |