Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,237,539 | C→A | 12.9% | A52S (GCC→TCC) | PP_4610 ← | PepSY‑associated TM helix domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,237,539 | 0 | C | A | 12.9% | 96.3 / 3.3 | 31 | A52S (GCC→TCC) | PP_4610 | PepSY‑associated TM helix domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/13); new base A (2/2); total (16/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 |
CACTGGGGTCGCGGTACCCCACACTCAAGGCGGCCTCCCGTTCGTTCGGCATGCGAATGAACCAGGTACTCGAATGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCGGTCCAGGTGTGCAGCCAGGCCATG > NC_002947/5237404‑5237669 | cACTGGGGTCGCGGTACCCCACACTCAAGGCGGCCTCCCGTTCGTTCGGCATGCGAATGAACCAGGTACTCGAATGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGc > 1:194023/1‑136 (MQ=255) ggTCGCGGTACCCCACACTCAAGGCGGCCTCCCGTTCGTTCGGCATGCGAATGAACCAGGTACTCGAATGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCt < 1:574914/136‑1 (MQ=255) gTCGCGGTACCCCACACTCAAGGCGGCCTCCCGTTCGTTCGGCATGCGAATGAACCAGGTACTCGAATGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTg < 1:546740/136‑1 (MQ=255) ccGTTCGTTCGGCATGCGAATGAACCAGGTACTCGAATGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGAATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGAtt > 2:667687/1‑136 (MQ=255) ccGTTCGTTCGGCATGCGAATGAACCAGGTACTCGAATGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGAATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGAtt > 2:177916/1‑136 (MQ=255) tcgttcgGCATGCGAATGAACCAGGTACTCGAATGCGCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATttctt < 1:60096/136‑1 (MQ=255) gttcgGCATGCGAATGAACCAGGTACTCGAATGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTcc < 2:171380/136‑1 (MQ=255) gttcgGCATGCGAATGAACCAGGTACTCGAATGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTcc < 1:171838/136‑1 (MQ=255) tGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGa > 1:103442/1‑136 (MQ=255) tGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGa > 1:58846/1‑136 (MQ=255) tGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCg > 1:499696/1‑136 (MQ=255) tGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCg < 2:655634/106‑1 (MQ=255) tGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCg > 1:655634/1‑106 (MQ=255) tGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAAcagcc > 2:35686/1‑136 (MQ=255) gCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAAcagcca > 1:59024/1‑136 (MQ=255) aaCGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGaa < 1:35686/136‑1 (MQ=255) gTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGag > 2:623654/1‑135 (MQ=255) gTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGAt > 1:430905/1‑136 (MQ=255) gTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGAt > 2:519149/1‑136 (MQ=255) gTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGAt > 2:436741/1‑136 (MQ=255) gTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACATCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGag > 1:102833/1‑135 (MQ=255) tGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCa < 1:140683/136‑1 (MQ=255) tGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCa < 2:499696/136‑1 (MQ=255) gACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCg < 2:58846/136‑1 (MQ=255) cAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCGGTCCAg > 2:128721/1‑136 (MQ=255) cAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGAATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCGGTCCAg < 1:667687/136‑1 (MQ=255) cAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGAATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCGGTCCAg < 1:177916/136‑1 (MQ=255) ggCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATTGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCGGTCCAGgt > 2:111008/1‑136 (MQ=255) tttGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCGGTCCAGGTGTGc < 1:425336/135‑1 (MQ=255) aTTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCGGTCCAGGTGTGc < 2:60850/136‑1 (MQ=255) cGGGTCCAGTGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCGGTCCAGGTGTGCAGCCAg < 1:105071/136‑1 (MQ=255) cAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGATCAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCGGTCCAGGTGTGCAGCCAGGCCATg > 2:117568/1‑136 (MQ=255) | CACTGGGGTCGCGGTACCCCACACTCAAGGCGGCCTCCCGTTCGTTCGGCATGCGAATGAACCAGGTACTCGAATGCCCTGCATTGTCCTGCAGGTAACGTTGAGCGACCGCCAGGCTATTGATCGGGTCCAGGGCATGGCTGCGCACTTCAGGTTGCGACCAATGAGTGATTTCTTCCTTGAAGTACGACAGCGTGCCGGTAAGGAAGATGGCGAACAACAGCCAGCCGAAGATCAGGCCGGTCCAGGTGTGCAGCCAGGCCATG > NC_002947/5237404‑5237669 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |