Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,075,201 | T→G | 18.9% | N150T (AAC→ACC) | PP_5324 ← | two‑component system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,075,201 | 0 | T | G | 18.9% | 86.3 / 4.5 | 45 | N150T (AAC→ACC) | PP_5324 | two‑component system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/27); new base G (7/2); total (16/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.68e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTT > NC_002947/6075074‑6075328 | cAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTGGGCGCCGCCCCCGTGACCGCGTCGGGCGTGCCCGCAGGCAGCGCGGGCAACGAg > 1:186752/1‑136 (MQ=255) ggccctggccACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGGGTCGGGGCCGCCCCCATGACCGCGTCGGGCTTGCCCGCAGGCCGCGCGGTCAACGAGTCGtt > 1:28915/1‑136 (MQ=255) gccgtggccACGGGCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGAGCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTg < 1:500704/136‑1 (MQ=255) tggccACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCCCCGTGCCCGCGGCGGGCTTGCCCGCAGGCAGCGCGGTCAACGAGGCGTTGGcga > 1:211289/1‑134 (MQ=255) aCGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGcc < 1:496050/136‑1 (MQ=255) aCGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGcc < 1:458503/136‑1 (MQ=255) cGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGGTGAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCggggt > 2:16388/1‑134 (MQ=255) cGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGGGTCGGCGCCGCCCCCTTGGCCGCTTCGGGCGTGGCCGCCGGCAGCGCGGTCAACGCGTGGTTGGGCAAGGGCggggt > 2:564570/1‑134 (MQ=255) gggggCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTGGGCGCCGCCCCCATGGCCGCGGGGGGCTTGGCCGCAGTCAGCGCGGTAAACGCGGCGTTGGGAAAGGCCGGGGTGGGTCGCGcc > 2:139272/1‑136 (MQ=255) gcggcAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGc < 1:564570/136‑1 (MQ=255) gggCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATc < 1:123885/136‑1 (MQ=255) gggCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATc < 1:386582/136‑1 (MQ=255) ccgcGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGGCCGCAGTCAGCGCGTTCACCGAGTCGTTGGCTAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGTCCATCAGGCt < 1:582918/136‑1 (MQ=255) cgACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTc < 2:650011/136‑1 (MQ=255) aaaGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCt < 1:21913/136‑1 (MQ=255) aaaGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCt < 1:633895/136‑1 (MQ=255) aaaGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCt < 2:670241/136‑1 (MQ=255) aaaGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTGCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCTTGACGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCt < 1:191507/136‑1 (MQ=255) cggtgccggtgTAGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTAGGGCTTGCCCCCCGTCAGCGCGTTGAACGAGTCGTTGGGAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGCTGGCCATCAGGCTGTCGAGCGTAACGAGCttt > 2:240775/1‑135 (MQ=255) tgccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTc < 1:37982/136‑1 (MQ=255) gccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCa < 2:38536/136‑1 (MQ=255) gccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCa < 1:3865/136‑1 (MQ=255) gccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCa < 1:139272/136‑1 (MQ=255) gcggtgTCTGCGGCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGTGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAg < 1:131996/135‑1 (MQ=255) ccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAg < 1:167346/136‑1 (MQ=255) ccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAg < 2:304008/136‑1 (MQ=255) ggCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGctttct < 1:395558/136‑1 (MQ=255) ggCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGctttct < 2:431847/136‑1 (MQ=255) 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gCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGtt > 1:185408/1‑136 (MQ=255) cGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCTGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGaaa > 2:311714/1‑135 (MQ=255) gCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTTCCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACg > 2:625303/1‑136 (MQ=255) gCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGATCg > 2:595766/1‑136 (MQ=255) tCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCtt < 2:492380/136‑1 (MQ=255) | CAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGGGCTTTCTTTACCTTGGTCAGCAGTTGCTCGTTGGTGAACGGCTT > NC_002947/6075074‑6075328 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |