Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,144,107 | C→T | 13.8% | A165T (GCC→ACC) | arcB ← | ornithine carbamoyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,144,107 | 0 | C | T | 13.8% | 74.5 / 4.2 | 29 | A165T (GCC→ACC) | arcB | ornithine carbamoyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/10); new base T (2/2); total (17/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.09e-01 |
CGTACTGCTTGCAGCGCTCGACCAGGTCGTCATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCTGGGTCGGGTGGTATTCGTCGGTCAGGCCGTTGAACACCGGTACGCCGGCGAAC > NC_002947/1143984‑1144240 | cGTACTGCTTGCAGCGCTCGACCAGGTCGTCATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTa < 1:368954/136‑1 (MQ=255) gcgcTCGACCAGGTCGTCATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATg > 2:362111/1‑136 (MQ=255) gcgcTCGACCAGGTCGTCATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATg > 1:541039/1‑136 (MQ=255) gcTCGACCAGGTCGTCATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTc > 2:356384/1‑136 (MQ=255) cgcccAGGTCGTCATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGCTGTCGTg > 2:57046/4‑136 (MQ=255) cGACCAGGTCGTCATGTGGCCACAGTGCCTTTGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTg > 2:630324/1‑136 (MQ=255) cGACCAGGTCGTCATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGTATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTg > 2:660123/1‑136 (MQ=255) cGACCAGGTCGTCATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGTATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTg > 2:657158/1‑136 (MQ=255) tcATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCAAATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGACTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGt > 2:607815/1‑136 (MQ=255) cATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGTATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTc < 1:660123/136‑1 (MQ=255) cATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGTATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTc < 1:657158/136‑1 (MQ=255) cATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTc < 2:310802/136‑1 (MQ=255) tgtgGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGc > 1:536835/1‑136 (MQ=255) tgtgGCCACAGTGACTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGc > 1:508674/1‑136 (MQ=255) ggCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCtgt < 1:630324/136‑1 (MQ=255) gcgcGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAg > 1:73428/1‑136 (MQ=255) ggcgATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACg < 1:391254/136‑1 (MQ=255) gATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCg > 1:284181/1‑136 (MQ=255) acaTCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGatca < 2:73428/136‑1 (MQ=255) tCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCt < 1:92768/136‑1 (MQ=255) tCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCt < 1:595246/136‑1 (MQ=255) gCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCTGGGTc < 1:300767/136‑1 (MQ=255) ccAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCTGGGTCgg > 2:498528/1‑136 (MQ=255) ttGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCTGGGTCGggtggt > 1:63794/1‑136 (MQ=255) agcagcagcGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCTGGGTCGGGTGGTATTCGTCGGTCa > 1:297697/1‑136 (MQ=255) ttgttgCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCTGGGTCGGGTGGTATTCGTCGGTCAGGCCGTTGAACACCGGTACGc < 1:498048/136‑1 (MQ=255) ttgttgCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCTGGGTCGGGTGGTATTCGTCGGTCAGGCCGTTGAACACCGGTACGc < 1:362111/136‑1 (MQ=255) cGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCTGGGTCGGGTGGTATTCGTCGGTCAGGCCGTTGAACACCGGTACGCCGGCGa > 2:159807/1‑136 (MQ=255) ggCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCTGGGTCGGGTGGTATTCGTCGGTCAGGCCGTTGAACACCGGTACGCCGGCGAAc > 2:346657/1‑136 (MQ=255) | CGTACTGCTTGCAGCGCTCGACCAGGTCGTCATGTGGCCACAGTGCCTTGGGCGCGGCGATGCGCACATCCATGCCCAGCTTGGCGCCGATCAGCAGCAGCGAGTTGCCCATGTTGTTGCGGGCATCGCCCAGGTAGGCGTAGCTGATGTCGTGCAGCGGCTTGTCGCTGTGCTCACGCATGGTCAGCACGTCGGCGATCATCTGGGTCGGGTGGTATTCGTCGGTCAGGCCGTTGAACACCGGTACGCCGGCGAAC > NC_002947/1143984‑1144240 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |