| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,286,894 | G→T | 35.3% | Q324K (CAA→AAA) | PP_1118 ← | recombinase‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,286,894 | 0 | G | T | 35.3% | 23.5 / 10.3 | 17 | Q324K (CAA→AAA) | PP_1118 | recombinase‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/6); new base T (3/3); total (8/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATCTACCTTGGTCAGTATCTCCTTGAACACTTGCTCGGTGCGTGGGGCGCTGATGATCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATTGGTGGTGGCCTTCGTGACGCTGTGTGTCTTGCGAGACGTTCGGGCAGCTTGGGCTAGGTAGAATTCATC > NC_002947/1286771‑1287023 | tATCTACCTTGGTCAGTATCTCCTTGAACACTTGCTCGGTGCGTGGGGCGCTGATGATCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTTGAGGTGCATGGc > 2:676964/1‑136 (MQ=255)tATCTACCTTGGTCAGTATCTCCTTGAACACTTGCTCGGTGCGTGGGGCGCTGATGATCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTTGAGGTGCATGGc > 2:171798/1‑136 (MQ=255)tATCTACCTTGGTCAGTATCTCCTTGAACACTTGCTCGGTGCGTGGGGCGCTGATGATCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTTGAGGTGCATGGc > 2:168477/1‑136 (MQ=255)tATCTACCTTGGTCAGTATCTCCTTGAACACTTGCTCGGTGCGTGGGGCGCTGATGATCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGc > 2:501407/1‑136 (MQ=255) ttGGTCAGTATCTCCTTGAACACTTGCTCGGTGCGTGGGGCGCTGATGATCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGc < 1:317808/136‑1 (MQ=255) ctcCTTGAACACTTGCTCGGTGCGTGGGGCGCTGATGATCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACaa > 1:15069/1‑136 (MQ=255) tGAACACTTGCTCGGTGCGTGGGGCGCTGATGATCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAg > 1:533339/1‑136 (MQ=255) tgatCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTTGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATtggtggt < 1:171798/136‑1 (MQ=255) tgatCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTTGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATtggtggt < 1:168477/136‑1 (MQ=255) tgatCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTTGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATCGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATtggtggt < 1:676964/136‑1 (MQ=255) tgatCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATtggtggt < 1:501407/136‑1 (MQ=255) tCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATTGGTGGTGGCCTTCGTGa < 1:145737/136‑1 (MQ=255) ggTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATTGGTGGTGGCCTTCGTGACGCTGTGTGTCTTg < 1:493122/136‑1 (MQ=255) ggTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATTGGTGGTGGCCTTCGTGACGCTGTGTGTCTTg < 1:271675/136‑1 (MQ=255) gTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATTGGTGGTGGCCTTCGTGACGCTGTGTGTCTTGCGAGACGTTCGGGCAGCt > 2:5270/1‑136 (MQ=255) tAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATTGGTGGTGGCCTTCGTGACGCTGTGTGTCTTGCGAGACGTTCGGGCAGCtt < 1:5270/136‑1 (MQ=255) gTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATTGGTGGTGGCCTTCGTGACGCTGTGTGTCTTGCGAGACGTTCGGGCAGCTTGGGCTAGGTAGAATTCAtc > 2:591062/1‑136 (MQ=255) | TATCTACCTTGGTCAGTATCTCCTTGAACACTTGCTCGGTGCGTGGGGCGCTGATGATCCCGGCGTCACACAGTCCTCTGGTTGTCTTGGAGCATTTGTAATACTTACGGCCACGCTGTCCTTGGAGGTGCATGGCTGACCCGCACTTGTAACAATTGAGGATGCCCGCCAGCACATTGAAATTGGTGGTGGCCTTCGTGACGCTGTGTGTCTTGCGAGACGTTCGGGCAGCTTGGGCTAGGTAGAATTCATC > NC_002947/1286771‑1287023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |