Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,366,538 | T→C | 11.1% | L216P (CTG→CCG) | phoP → | two‑component system DNA‑binding transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,366,538 | 0 | T | C | 11.1% | 93.0 / 4.8 | 36 | L216P (CTG→CCG) | phoP | two‑component system DNA‑binding transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/17); new base C (2/2); total (17/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.99e-01 |
CGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTTGCAGAAGGCCTTCAGCCTGGCTCT > NC_002947/1366408‑1366672 | cGCTTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCt < 1:409463/136‑1 (MQ=255) gCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCAcc < 1:220512/136‑1 (MQ=255) aGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCga > 1:648445/1‑136 (MQ=255) aGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCga > 1:470573/1‑136 (MQ=255) aCGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATc > 2:428782/1‑136 (MQ=255) aCGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATc > 1:389232/1‑136 (MQ=255) aCGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATc > 2:657682/1‑136 (MQ=255) cGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATcc < 2:574621/136‑1 (MQ=255) aaGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCcgc < 2:409840/136‑1 (MQ=255) cgACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGc < 2:229028/136‑1 (MQ=255) cAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTgc > 2:465282/1‑136 (MQ=255) tCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTg < 1:364952/136‑1 (MQ=255) aTCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGAt < 1:490855/136‑1 (MQ=255) gAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCt > 2:66232/1‑136 (MQ=255) gAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCt < 2:74947/136‑1 (MQ=255) gAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCCGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCt > 1:75233/1‑136 (MQ=255) gAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCCGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCt > 1:76495/1‑136 (MQ=255) gCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGgccg < 1:27165/136‑1 (MQ=255) cTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGgccgc > 1:564574/1‑136 (MQ=255) cTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCCGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGgccgc < 2:75233/136‑1 (MQ=255) cTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCCGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGgccgc < 2:76495/136‑1 (MQ=255) gTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCcgccgc > 2:556765/1‑136 (MQ=255) ccgccTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAgtgt < 1:160101/136‑1 (MQ=255) ccTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTgg < 1:119435/136‑1 (MQ=255) gcgGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTgc > 1:66005/1‑83 (MQ=255) gcgGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTgc < 2:66005/83‑1 (MQ=255) gACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCg < 2:315200/122‑1 (MQ=255) gACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCg > 1:315200/1‑122 (MQ=255) gcgcGGCCTGGTCAACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTAGCAGAAGGCCTTCAGcc > 1:34091/1‑136 (MQ=255) cgcgGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTTGCAGAAGGCCTTCAGCCt < 2:470573/136‑1 (MQ=255) cgcgGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTTGCAGAAGGCCTTCAGCCt < 2:648445/136‑1 (MQ=255) gcgGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTTGCAGAAGGCCTTCAGCCTg > 1:639668/1‑136 (MQ=255) gcgGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTTGCAGAAGGCCTTCAGCCTg > 1:475581/1‑136 (MQ=255) ggCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTTGCAGAAGGCCTTCAGcc > 1:585104/1‑132 (MQ=255) ggCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTTGCAGAAGGCCTTCAGcc < 2:585104/132‑1 (MQ=255) cTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTTGCAGAAGGCCTTCAGCCTGGctct < 1:465282/136‑1 (MQ=255) | CGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTTGCAGAAGGCCTTCAGCCTGGCTCT > NC_002947/1366408‑1366672 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |