Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,543,926 | C→A | 14.8% | L545L (CTG→CTT) | PP_1350 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,543,926 | 0 | C | A | 14.8% | 79.1 / 3.5 | 27 | L545L (CTG→CTT) | PP_1350 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/12); new base A (2/2); total (13/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 |
GGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGATGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGTTCTTCAGCAAGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGCCTGATCGATCAGTGCCGGCAGCTCGCATGGCACCAGCTGGCGGTT > NC_002947/1543792‑1544060 | gggTTTAGCCGGGTGCGCAGTGGGATGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGTTCTTCAGCAAGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCa < 1:563576/136‑1 (MQ=255) tgtgATGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGTTCTTCAGCAAGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGgcgc < 1:52719/136‑1 (MQ=255) aTGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGTTCTTCAGCAAGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGa < 2:481106/136‑1 (MQ=255) ggCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGTTCTTCAGCAAGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGcc > 1:44892/1‑136 (MQ=255) ggCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGTTCTTCAGCAAGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCAAGGTAGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGcc > 2:11463/1‑136 (MQ=255) ggCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCCATCTTCAGCAAGTTGAGCAGTACTAGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCAAGGTAGGGGTCGAACTGGCGCACCATCGCATGcc > 2:481607/1‑136 (MQ=255) gCTCGCTTGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGTTCTTCAGCAAGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGccc < 1:503293/136‑1 (MQ=255) tcttcAGCAAGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTTGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGc > 1:62965/1‑136 (MQ=255) tcttcAGCAAGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGc > 1:368801/1‑136 (MQ=255) aaGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCTAAGTCATTGCCGGCAATTTCaa < 2:51885/136‑1 (MQ=255) gAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGcc < 1:223247/136‑1 (MQ=255) gAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGcc < 1:590699/136‑1 (MQ=255) gAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGGCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGcc < 1:224063/136‑1 (MQ=255) aGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGCCTgat < 2:473032/136‑1 (MQ=255) tACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGCCTgatcg < 1:154670/136‑1 (MQ=255) tACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCAAGGTAGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGCCTgatcg < 1:481607/136‑1 (MQ=255) 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ccccAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGCCTGATCGATCAGTGCCGGCAGCTCGCATGGCACCAGCTGGCgg > 1:39376/1‑136 (MQ=255) ccAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGCCTGATCGATCAGTGCCGGCAGCTCGCATGGCACCAGCTGGCGGtt > 2:157353/1‑136 (MQ=255) ccAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGCCTGATCGATCAGTGCCGGCAGCTCGCATGGAACCAGCTGGCGGtt > 1:294312/1‑136 (MQ=255) | GGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGATGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGTTCTTCAGCAAGTTGAGCAGTACTTGTTCCAGCTCGTTGGCGGTACATGGCACCGGCCCCAGGTCGGGGTCGAACTGGCGCACGATGGCTTGCCCCTTGAAGTCGAAGCCGATGGCCAGATCGAAGTCATTGCCGGCAATTTCAAGCGCCTGATCGATCAGTGCCGGCAGCTCGCATGGCACCAGCTGGCGGTT > NC_002947/1543792‑1544060 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |