| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,578,455 | C→T | 12.9% | G74G (GGC→GGT) | pcaD → | 3‑oxoadipate enol‑lactonase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,578,455 | 0 | C | T | 12.9% | 82.5 / 4.2 | 31 | G74G (GGC→GGT) | pcaD | 3‑oxoadipate enol‑lactonase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/13); new base T (2/2); total (16/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
GTACCGACCTGGGCATGTGGGACACCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAGGTGAGCGCCTGCACAGCCTGACCCT > NC_002947/1578325‑1578583 | gTACCGACCTGGGCATGTGGGACGCCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGa > 1:15369/1‑136 (MQ=255)gTACCGACCTGGGCATGTGGGACACCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCcg > 1:160883/1‑133 (MQ=255)gTACCGACCTGGGCATGTGGGACACCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCcg < 2:160883/133‑1 (MQ=255)gTACCGACCTGGGCATGTGGGACACCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGa > 1:254587/1‑136 (MQ=255) aTGTGGGACACCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGc < 1:104455/136‑1 (MQ=255) aTGTGGGACACCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGc > 2:564414/1‑136 (MQ=255) aTGTGGGACACCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGc > 2:242080/1‑136 (MQ=255) aTGTGGGACACCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACCGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGc > 1:30984/1‑136 (MQ=255) acacCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATgg > 1:433687/1‑136 (MQ=255) cTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTtcgtc < 1:619907/136‑1 (MQ=255) gctgcGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCg > 2:437292/1‑136 (MQ=255) gTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCa < 1:292204/136‑1 (MQ=255) cACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGTCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGt > 1:472572/1‑136 (MQ=255) cACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGTCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGt > 1:475972/1‑136 (MQ=255) cGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTgg < 1:194476/136‑1 (MQ=255) cgcATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTg < 2:676033/136‑1 (MQ=255) gcATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTgg > 2:48676/1‑136 (MQ=255) cGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTAt > 2:457878/1‑136 (MQ=255) cGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTAt > 2:660854/1‑136 (MQ=255) tGGTCACTGAAGGCCCTTTCAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCa < 2:412831/136‑1 (MQ=255) aCTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAg < 2:15369/136‑1 (MQ=255) aCTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAg < 2:254587/136‑1 (MQ=255) aCTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAg < 2:107827/136‑1 (MQ=255) aGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAGGTGAg < 2:30984/136‑1 (MQ=255) cTTACAGCATCGAACAGCTGGGTCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAGGTGAGCGCCt < 2:472572/136‑1 (MQ=255) cTTACAGCATCGAACAGCTGGGTCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAGGTGAGCGCCt < 2:475972/136‑1 (MQ=255) cTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAGGTGAGCGCCt < 1:157359/136‑1 (MQ=255) aaCAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAGGTGAGCGCCTGCACAGCCTGAc > 1:136939/1‑136 (MQ=255) aaCAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTCGCTGGGTATCCATGCAGGTGAGCGCCTGCACAGCCTGAc > 2:45515/1‑136 (MQ=255) aCAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAGGTGAGCGCCTGCACAGCCTGAcc < 2:433687/136‑1 (MQ=255) aGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAGGTGAGCGCCTGCACAGCCTGACCCt > 2:172310/1‑136 (MQ=255) | GTACCGACCTGGGCATGTGGGACACCCAGATTCCGCTCTGGAGTCAGCACTTCCGGGTGCTGCGCTATGACACCCGTGGTCACGGCGCATCGCTGGTCACTGAAGGCCCTTACAGCATCGAACAGCTGGGCCGCGACGTGCTGGCCCTGCTCGATGGCCTGGACATTCAAAAGGCTCACTTCGTCGGCCTGTCGATGGGCGGCCTGATCGGCCAGTGGCTGGGTATCCATGCAGGTGAGCGCCTGCACAGCCTGACCCT > NC_002947/1578325‑1578583 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |