Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,906,760 | C→A | 11.1% | R774S (CGC→AGC) | PP_1703 → | assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,906,760 | 0 | C | A | 11.1% | 112.4 / 2.9 | 36 | R774S (CGC→AGC) | PP_1703 | assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/4); new base A (2/2); total (30/6) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 |
CACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGCACAGGCCGCGCCATGGC > NC_002947/1906627‑1906895 | cACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCcgc > 1:326844/1‑136 (MQ=255) tAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCgc > 1:251818/1‑135 (MQ=255) ccTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGCGCGTGATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCg > 1:551589/1‑136 (MQ=255) gTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGCCCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTAc > 2:437505/1‑136 (MQ=255) cGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTAcccc > 2:541990/1‑136 (MQ=255) cGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTAcccc > 2:580550/1‑136 (MQ=255) cGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTAcccc > 1:129459/1‑136 (MQ=255) cGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCAGCGCCGAGGGCGTAcccc > 1:251129/1‑136 (MQ=255) cGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCAGCGCCGAGGGCGTAcccc > 1:428774/1‑136 (MQ=255) cGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCATGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTAcccc > 2:651591/1‑136 (MQ=255) cGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCATGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTAACTGGAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTAcccc > 2:645367/1‑136 (MQ=255) cATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGACTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGc > 1:468715/1‑136 (MQ=255) cATGCCGAACGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCAATACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCCCCGCGGGCGTACCCCGc > 2:486957/1‑136 (MQ=255) gCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTTCTGGCCGAAGAAGAGCGTAATTAGCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGCCCCGGCCCGCGCCGAGGGCGTAACCCGCCTGCCGGccc > 1:609481/1‑135 (MQ=255) cGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCgctgg > 1:250005/1‑136 (MQ=255) gcatGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGCGGGCGTACCCCGCCAGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGcc > 1:36953/4‑136 (MQ=255) gCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGATGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGcc > 2:132425/1‑136 (MQ=255) gCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGcc > 1:458172/1‑136 (MQ=255) gCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGcc > 1:456615/1‑136 (MQ=255) gCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGcc > 1:628175/1‑136 (MQ=255) gCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGcc > 1:72518/1‑136 (MQ=255) gCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGcc > 1:378790/1‑136 (MQ=255) ttGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAg > 2:169978/1‑136 (MQ=255) gCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGccc > 1:42305/1‑135 (MQ=255) gCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCcg > 1:374877/1‑136 (MQ=255) cGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTGGCCGGCtt > 1:7254/1‑136 (MQ=255) aaTTCCCTGCACGGTTTCCTGCTGGGCCGGGCCCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGc < 2:250005/135‑1 (MQ=255) ttACCTGCAAGGTTTCATGCTGTGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGACGTCGTTTGTTTGTAGACGGCTTGCAGGCCGGGCTGTTAGCCCAGACt > 1:352184/1‑136 (MQ=255) aGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGTCGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGcc > 2:15734/1‑135 (MQ=255) tttCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCAGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCAccc < 2:251129/136‑1 (MQ=255) tttCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCAGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCAccc < 2:428774/136‑1 (MQ=255) ctgctgGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATcg > 2:612887/1‑136 (MQ=255) tgctgGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGGTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCCACAGCCCCCCTcgc > 2:104728/1‑136 (MQ=255) gtgcaCCCGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGCACAgg < 2:72518/132‑1 (MQ=255) cccgggCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGCACAGGCcgc < 1:449992/132‑1 (MQ=255) ccAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGCACAGGCcgcg < 2:468715/136‑1 (MQ=255) cAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCAGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGCCCCGGCCccgc > 2:475640/1‑136 (MQ=255) ccGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGCACAGGCCGCGCCATgg > 2:338761/1‑136 (MQ=255) cgcgCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGCCGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCCGCCAGCAACAGCACCCCACGCGGCCCCGGCCGCGcccaggg > 1:81398/1‑131 (MQ=255) | CACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTCCTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGCACAGGCCGCGCCATGGC > NC_002947/1906627‑1906895 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |