| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,164,245 | G→A | 13.3% | A424A (GCG→GCA) | opuA → | glycine betaine ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,164,245 | 0 | G | A | 13.3% | 78.3 / 4.4 | 30 | A424A (GCG→GCA) | opuA | glycine betaine ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/12); new base A (2/2); total (16/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
CTCACCGGGTGTCGCTTTACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCT > NC_002947/3164116‑3164363 | cTCACCGGGTGTCGCTTTACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGccccg > 2:333889/1‑133 (MQ=255)cTCACCGGGTGTCGCTTTACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGcg > 1:671685/1‑135 (MQ=255) tCACCGGGTGTCGCTTTACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTg < 2:402861/136‑1 (MQ=255) gtgtCGCTTTACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCAt < 2:379979/136‑1 (MQ=255) gCTTTACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGAcg > 1:158662/1‑136 (MQ=255) cTTTACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGAcgc > 1:219250/1‑136 (MQ=255) cTTTACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGAcgc > 2:527747/1‑136 (MQ=255) cTTTACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGAcgc > 2:229670/1‑136 (MQ=255) tACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGtt < 1:420662/136‑1 (MQ=255) gctgctACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCAGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTgg > 1:12619/1‑136 (MQ=255) gctgctACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCAGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTgg > 1:9311/1‑136 (MQ=255) tACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCa > 1:242466/1‑136 (MQ=255) tGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCGGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATtcgtcg < 1:80865/136‑1 (MQ=255) ggCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCgg > 2:669406/1‑136 (MQ=255) cttaCGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGTGGTGATCg < 1:153871/133‑1 (MQ=255) cAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGt < 1:99216/136‑1 (MQ=255) gagGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCTAAAGCGCATTCGTCGTGGTGATCGTGGCGGTgc < 1:360307/136‑1 (MQ=255) gagGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTgc < 2:49588/136‑1 (MQ=255) gCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTgcgcc > 1:644114/1‑135 (MQ=255) gCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCa > 1:230143/1‑136 (MQ=255) gggACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGAt < 1:399496/71‑1 (MQ=255) gggACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGAt > 2:399496/1‑71 (MQ=255) gggACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGtca > 2:469499/1‑136 (MQ=255) gggACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCAGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGtca < 2:12619/136‑1 (MQ=255) gggACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCAGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGtca < 2:9311/136‑1 (MQ=255) ttCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAgg > 1:219075/1‑136 (MQ=255) tCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTAGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGt < 1:625475/136‑1 (MQ=255) ccTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAATGTgc < 1:559188/136‑1 (MQ=255) cTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTgcg > 1:314729/1‑136 (MQ=255) cgcgACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCgctgggct < 2:158662/136‑1 (MQ=255) | CTCACCGGGTGTCGCTTTACCCTTGGCGCTGCTACTGGTGAGTCAGGCACTGACCGTATGGCGCGCCCTGACGCCAGAGGCTGCCGGGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCT > NC_002947/3164116‑3164363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |