Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 564,385 | Δ1 bp | 6.9% | intergenic (+34/‑139) | rplQ → / → katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 564,385 | 0 | T | . | 6.9% | 1346.6 / 88.1 | 407 | intergenic (+34/‑139) | rplQ/katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (152/224); new base . (16/12); total (170/237) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.75e-01 |
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
AGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGA > NC_002947/564236‑564533 | aGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGt < 2:4703618/150‑1 (MQ=255) gcTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCgg > 1:5333045/1‑150 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCg > 2:1591642/1‑147 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCg < 1:1591667/147‑1 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑tt < 2:244169/150‑1 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGG‑tt < 2:5190167/150‑1 (MQ=255) tGCGCCTCCTGAAGTGCGGTGTCCGCGCTGGCGACACCGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGACGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTCGTGCCCGG‑tttttt < 2:8759644/150‑1 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑tttttt < 1:7191339/150‑1 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑tttttt < 2:6435106/150‑1 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCCGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGGGCCCGG‑tttttt > 2:1258478/1‑150 (MQ=255) cgcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGt < 1:8751505/150‑1 (MQ=255) gcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGtt < 1:6696546/150‑1 (MQ=255) cATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGttt < 2:1935849/150‑1 (MQ=255) cATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCGGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGttt < 2:7861229/150‑1 (MQ=255) cTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGTTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATAc > 2:1844147/1‑150 (MQ=255) tGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTAt < 1:2894087/150‑1 (MQ=255) gCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTg > 2:3458335/1‑136 (MQ=255) tttCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGttt < 1:5854024/150‑1 (MQ=255) cgcgCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTAttt > 1:8394745/1‑150 (MQ=255) cgcgCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTAttt < 2:2944231/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTc < 2:6223019/150‑1 (MQ=255) gcTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTa < 1:7003800/150‑1 (MQ=255) gcTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTa < 1:5641342/150‑1 (MQ=255) gcTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTa < 1:3211373/150‑1 (MQ=255) tGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAtt < 1:2668686/150‑1 (MQ=255) tGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAtt > 1:5338694/1‑150 (MQ=255) gCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGa > 2:5457839/1‑150 (MQ=255) gCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGa < 2:6138356/150‑1 (MQ=255) cGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGAt < 1:499021/150‑1 (MQ=255) aaCGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTaa < 2:4848909/150‑1 (MQ=255) aCGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAg < 2:3625859/150‑1 (MQ=255) cgcCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCa < 1:6434943/150‑1 (MQ=255) gcCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCAt < 2:7328099/150‑1 (MQ=255) ccTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATg < 2:2167117/150‑1 (MQ=255) cTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGt > 1:1683278/1‑150 (MQ=255) tATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTa > 1:5278363/1‑150 (MQ=255) ggCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATg < 1:3080917/150‑1 (MQ=255) gTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAt > 2:1974532/1‑150 (MQ=255) gTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAt < 2:6070457/150‑1 (MQ=255) tATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAtt < 2:3769448/150‑1 (MQ=255) aTGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAttt < 1:5022898/150‑1 (MQ=255) aTGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAttt < 2:7261576/150‑1 (MQ=255) aTGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAttt < 1:8003935/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGt < 2:5910002/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTcc < 2:1137922/150‑1 (MQ=255) gAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTccc < 1:8223917/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCt < 2:8596190/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCt < 2:6920362/150‑1 (MQ=255) 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AGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGG‑TTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGA > NC_002947/564236‑564533 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |