Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 838,006 | Δ1 bp | 5.6% | intergenic (‑39/+41) | pth ← / ← rplY | peptidyl‑tRNA hydrolase/50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 838,006 | 0 | G | . | 5.6% | 2247.2 / 120.1 | 663 | intergenic (‑39/+41) | pth/rplY | peptidyl‑tRNA hydrolase/50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (316/310); new base . (15/22); total (331/332) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01 |
Only 100 of 682 total aligned reads displayed.
ACGCTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCT > NC_002947/837857‑838155 | cGCTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTgcgc < 2:4383186/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTgcgcgc < 1:313143/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTgcgcgc < 1:649003/150‑1 (MQ=255) tGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGcgcgcg < 2:3729542/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCa < 2:7865783/150‑1 (MQ=255) cgcTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCAc < 1:5978164/150‑1 (MQ=255) ggCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTCCAGTGCGCGCG‑GCACTGTa > 2:6651668/1‑150 (MQ=255) gCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGC‑CGCGCGCACTGTaa < 2:3178564/150‑1 (MQ=255) gCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGC‑CGCGCGCACTGTaa < 2:3321135/150‑1 (MQ=255) gCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGC‑CGCGCGCACTGTaa < 2:5173961/150‑1 (MQ=255) gCAAGGCGGTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGATCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTAAAGTGCGCGCG‑GCACTGTaa > 1:416323/1‑150 (MQ=255) aGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAAccc < 1:4447349/150‑1 (MQ=255) gCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGa < 2:3443272/150‑1 (MQ=255) gCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGa < 2:78023/150‑1 (MQ=255) gCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGa < 2:455631/150‑1 (MQ=255) cGTTCAACGAAACGAGCCCCTGCGTTAGGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGCTGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGAt < 2:383949/150‑1 (MQ=255) cAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAAc < 1:3034570/150‑1 (MQ=255) cAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAAc < 2:2169410/150‑1 (MQ=255) aaCGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACg > 1:3412953/1‑150 (MQ=255) aCGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGc > 1:7295543/1‑150 (MQ=255) gAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCg < 1:8471015/150‑1 (MQ=255) aaaGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGccaag < 2:5564676/150‑4 (MQ=255) ccccTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGa < 1:6135063/150‑1 (MQ=255) cccTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAg > 1:6852099/1‑150 (MQ=255) ccTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGt > 2:8071189/1‑150 (MQ=255) ccTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGt < 2:547633/150‑1 (MQ=255) cTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTg < 2:6165554/150‑1 (MQ=255) gCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGa < 2:746231/150‑1 (MQ=255) tATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTAc > 1:1764041/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACt < 2:829818/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTc > 1:2809436/1‑150 (MQ=255) gCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCg < 1:5351681/150‑1 (MQ=255) cGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGc > 2:3992362/1‑150 (MQ=255) ggTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAg > 1:359916/1‑150 (MQ=255) ttCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGc > 2:2600727/1‑126 (MQ=255) ttCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCctt < 1:3815960/150‑1 (MQ=255) ttCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCctt > 1:2755706/1‑150 (MQ=255) tATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttctgc > 1:8661301/1‑150 (MQ=255) 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gCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAg > 2:4995165/1‑150 (MQ=255) gggTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAAc > 2:294820/1‑150 (MQ=255) ggTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAAcg > 1:1931950/1‑150 (MQ=255) aCCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTg < 1:2395887/150‑1 (MQ=255) cccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTAAAGATCGCGCG‑GCACAGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTgg > 1:4272247/1‑150 (MQ=255) 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ctTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCag > 1:7907061/1‑150 (MQ=255) ccTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGc < 1:2963203/150‑1 (MQ=255) cTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGc < 1:1636455/143‑1 (MQ=255) ttGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGcga > 1:3219227/1‑150 (MQ=255) ttGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGcga < 2:7221444/150‑1 (MQ=255) 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tGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGa < 1:8071189/150‑1 (MQ=255) tGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGGGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGa > 2:5950422/1‑150 (MQ=255) | ACGCTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCT > NC_002947/837857‑838155 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |