| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,063,209 | 0 | A | . | 5.3% | 2381.6 / 114.8 | 693 | intergenic (‑186/+34) | PP_0914/sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (343/311); new base . (21/16); total (364/329) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 715 total aligned reads displayed.
GACCATTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCAC‑AAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGT > NC_002947/1063060‑1063358 | gCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCAC‑AAAAAAACCCGGCACATG‑GCCg > 1:7945887/1‑150 (MQ=255) gCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCAC‑AAAAAAACCCGGCACATG‑GCCg < 2:4418186/150‑1 (MQ=255) gCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCAC‑AAAAAAACCCGGCACATG‑GCCg < 2:3601960/150‑1 (MQ=255) 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ac‑aAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGt > 1:4100822/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCg > 1:6182617/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCg > 2:3433737/1‑150 (MQ=255) gagaaaCCCGGC‑CATGTGCCGGGTTTTTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGa > 2:3998725/4‑150 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGa > 2:7289160/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |