| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,557,391:1 | +G | 5.6% | coding (56/978 nt) | PP_3137 → | group 2 family glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,557,391 | 1 | . | G | 5.6% | 1730.8 / 88.1 | 393 | coding (56/978 nt) | PP_3137 | group 2 family glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (217/154); new base G (15/7); total (232/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 400 total aligned reads displayed.
TGGTAGATGTGCCTGACAATTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCACCGCCGCACGCGCCC > NC_002947/3557242‑3557540 | gTAGATGTGCCTGACAATTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑gc < 1:5267583/150‑1 (MQ=255) gTAGATGTGCCTGACAATTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑gc > 2:1101168/1‑150 (MQ=255) gTAGATGTGCCTGACAATTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑gc > 2:6194294/1‑150 (MQ=255) tgCCTGACAATTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCt > 2:765208/1‑150 (MQ=255) ccTGACAATTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTg > 2:5618313/1‑150 (MQ=255) tGAGAATTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCAGGCATCAGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCGTGtt > 2:4694342/1‑150 (MQ=255) gACAATTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGttt < 2:3282364/150‑1 (MQ=255) gACAATTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGttt > 1:279001/1‑150 (MQ=255) aaTTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGc > 1:7529494/1‑150 (MQ=255) ccTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGgcg < 2:8809197/149‑1 (MQ=255) aCTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGgcg > 2:3589883/1‑150 (MQ=255) gCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACg > 2:2324404/1‑150 (MQ=255) cAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACgg < 1:4523981/150‑1 (MQ=255) aGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGGGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACggg > 2:4572896/1‑150 (MQ=255) tGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGc < 1:6367086/150‑1 (MQ=255) ggtggTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCTTCCGGCCGCCGTGGCTTCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGTTCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGAT‑GCCTTGTTTAGCTGGCGCACGGGGcc < 1:4321616/147‑1 (MQ=255) gggggTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGcc < 2:8663061/150‑1 (MQ=255) ggggTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCg > 1:958153/1‑150 (MQ=255) 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atcatcAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGt > 2:6962584/1‑150 (MQ=255) atcatcAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGt < 2:6844799/150‑1 (MQ=255) tcatcaAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGCGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTa > 2:406794/1‑150 (MQ=255) atcaAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACg > 1:1125234/1‑150 (MQ=255) tcaAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGt > 1:2388410/1‑150 (MQ=255) 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cAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATccc > 2:8432760/1‑150 (MQ=255) cAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATccc > 2:4347451/1‑150 (MQ=255) cAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATccc < 1:739270/150‑1 (MQ=255) aaTGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCg < 1:3589883/150‑1 (MQ=255) aaTGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCg > 1:6068155/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGtt < 1:795745/150‑1 (MQ=255) aacaaggcAGCG‑CTCGAGGCGCTGGCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGt > 1:1375920/8‑150 (MQ=255) gAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTc > 1:1991681/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACAGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCAcc > 2:2132427/1‑150 (MQ=255) aggcAGCG‑CTCGAGGCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCAcc > 1:6163661/4‑150 (MQ=255) ggcAGCG‑CTCGAGGCGCTGGCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCAcc > 1:7347016/3‑150 (MQ=255) ggcAGCG‑CTCGAGGCGCT‑GGCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATg < 2:7345595/79‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCAccgc < 2:6775456/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCAccgc > 2:8230514/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCAccgcc > 1:4884224/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCAccgcc > 2:5321041/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCAccgcc > 2:5381543/1‑150 (MQ=255) cTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCACCGCCGCAcgc > 1:8791833/1‑150 (MQ=255) tCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCACCGCCGCAcgcg > 1:4164493/1‑150 (MQ=255) tCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCACCGCCGCAcgcg > 1:8648389/1‑150 (MQ=255) cGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCACCGCCGCACgcgc < 2:3051387/150‑1 (MQ=255) | TGGTAGATGTGCCTGACAATTCACTGGCAGTGGGGGTGCCGGCCATCATCAAGGCCCGGCATCCGGCCGCCGTGGCATCGGTCGAGTGAGGCCTATGGCAACGGTGATCGGGGTGGTGGTAATCGGCCGCAATGAAGGCCAGCGCCTCGA‑GCGCT‑GCCTTGTTTCGCTGGCGCACGGGGCCGACAAAGTCATGTACGTCGACTCGGGTTCCACCGATGGTTCGCTGCAGTTGGCCGCCAACCTTGGCGTGGCAGTACTGGCGCTGGACATGAGTATCCCGTTCACCGCCGCACGCGCCC > NC_002947/3557242‑3557540 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |