| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,037,800:1 | +G | 8.3% | intergenic (+59/+77) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,037,800 | 1 | . | G | 8.3% | 850.3 / 69.9 | 206 | intergenic (+59/+77) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (83/106); new base G (8/9); total (91/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.00e-02 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
GGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCACC > NC_002947/6037651‑6037949 | ggcggcGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 2:8594271/150‑1 (MQ=255)ggcggcGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGACTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 2:3948984/150‑1 (MQ=255) ggcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑Gtt < 1:5769073/150‑1 (MQ=255) 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tCCTACTGGGTGAGCGCCCGCCGGGCA‑GTTGACGCTCCCCCTGTCGGCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCAt < 1:1173168/150‑1 (MQ=255) cccTACGGGGGTCGCGCCCGCCGGGCA‑GTTGCCGCTCCCCCGGACGTCGGGGTTTAA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCAt < 1:81090/149‑1 (MQ=255) cTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCa < 2:591590/150‑1 (MQ=255) tACAGGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:467042/1‑150 (MQ=25) tACAGGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:47510/1‑150 (MQ=25) tACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:1718873/1‑150 (MQ=255) tACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:2195550/1‑150 (MQ=255) aCAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAcc > 1:2371103/1‑150 (MQ=255) tgggtTAGCGCCAGCCTGGAT‑TTTGACGCTACCCCTTTTGGAG‑GGGTTTACCCCGCTAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCaa < 1:1067264/149‑1 (MQ=255) ggggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAat > 2:4807397/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |