| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,312,255:1 | +C | 6.2% | coding (367/1077 nt) | PP_2029 ← | von Willebrand factor type A domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,312,255 | 1 | . | C | 6.2% | 1413.7 / 80.2 | 325 | coding (367/1077 nt) | PP_2029 | von Willebrand factor type A domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (164/141); new base C (7/13); total (171/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
CTTGCCTGCGATGCCGATCTGCGCCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGAGCGG > NC_002947/2312106‑2312404 | cTTGCCTGCGATGCCGATCTGCGCCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGGGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAg > 2:3017092/1‑150 (MQ=255) ttGCCTGCGATGCCGATCTGCGCCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAg‑c < 1:6397712/150‑1 (MQ=255) ttGCCTGCGATGCCGATCTGCGCCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAg‑c > 2:4614448/1‑150 (MQ=255) 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ttCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCAc > 2:6939840/1‑150 (MQ=255) tCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCAcc < 1:5008195/150‑1 (MQ=255) gTCTTGCAGGACGTCGCCCATCAG‑CGCCGTGACCAGGTCGAGGCGGCTGCTGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTc < 2:8193992/150‑1 (MQ=255) ttGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGcc > 2:1014397/1‑150 (MQ=255) gCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCa > 2:6423976/1‑150 (MQ=255) aGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGc > 1:4059289/1‑150 (MQ=255) ggAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGcc > 1:1953837/1‑150 (MQ=255) gAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCa > 2:3613977/1‑150 (MQ=255) aGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCAtt > 2:7525423/1‑150 (MQ=255) tCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGTGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGc < 1:6906010/150‑1 (MQ=255) tCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGc < 2:7598431/150‑1 (MQ=255) tCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGc > 1:6257219/1‑150 (MQ=255) aG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGcc < 1:5167829/131‑1 (MQ=255) g‑cgcCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGAgcgg > 1:6119631/1‑150 (MQ=255) g‑cgcCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGAgcgg > 2:1745168/1‑150 (MQ=255) g‑cgcCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGAgcgg > 1:5930873/1‑150 (MQ=255) g‑cgcCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGAgcgg < 1:303999/150‑1 (MQ=255) | CTTGCCTGCGATGCCGATCTGCGCCTCAATGAGGAAGGTGCGCACGGTGCGCCGGTCAAAGGTGAGCGGCGCCTGCAGGTAGGCCTGGCTGCCGAACAGGATCAGGCCCACGCGGTCGCCTTCACGGTCTTGCAGGAAGTCGCCCATCAG‑CGCCTTGACCAGGTCGAGGCGGCTGATGTCCTCGTTCTGCCACTGCATGTCGGGGAAGTCCATCGACCCGGACACGTCCACCGCCACCAGCAGGTCGCGGCCGCTGGCGGCGATCGGCACCGGTTCGCCCAGCCATTGCGGGCGAGCGG > NC_002947/2312106‑2312404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |