| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1904223 | 253 (0.670) | 20 (0.060) | 12/246 | NT | 8.0% | intergenic (+302/‑218) | PP_t18/PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
| ? | NC_002947 | = 1904253 | 237 (0.710) | intergenic (+332/‑188) | PP_t18/PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase | |||||
Only 100 of 458 total aligned reads displayed.
CCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGT > NC_002947/1904074‑1904372 | tgccccggcatgctgatgcaagcggggcaacacggcgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccaggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAgg > 1:3456221‑M1/136‑150 (MQ=255) gTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAc > 1:4040847/1‑150 (MQ=255) cTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGgatatc < 2:2122313‑M1/150‑7 (MQ=255) tCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTgcg > 1:1955898/1‑150 (MQ=255) tCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGcgccgc < 2:1595045/150‑1 (MQ=255) cACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCgccgcc < 1:2425294/150‑1 (MQ=255) ccGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCt < 1:6979173/150‑1 (MQ=255) cGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCCAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCACCCTc > 2:8539629/1‑150 (MQ=255) gCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAg > 1:3752786/1‑150 (MQ=255) tcCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCtt < 1:356259/150‑1 (MQ=255) gggACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGa > 2:6828914/1‑150 (MQ=255) gACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGata < 2:3206035/150‑1 (MQ=255) gACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGata < 1:5641921/150‑1 (MQ=255) cATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATc < 1:6633314/150‑1 (MQ=255) aTGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtac < 1:5249529‑M1/150‑32 (MQ=255) aTGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCc > 1:2171276‑M2/1‑149 (MQ=255) ggcgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCt > 2:8443995‑M1/103‑150 (MQ=255) cgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggcctcttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCtgt > 1:763164‑M1/101‑150 (MQ=255) 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tcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCgg > 2:4541047‑M1/93‑150 (MQ=255) tGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgggagcgg > 1:4922396‑M2/1‑137 (MQ=255) tGCTCATGATGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGATCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgg < 1:4514700‑M1/150‑44 (MQ=255) gCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgggagcggg > 2:330730‑M2/1‑136 (MQ=255) tCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCAGCGCATGGTGCGTAACCTGTGCATGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCGGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCa < 1:6415509/150‑1 (MQ=255) cATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCAt > 2:6265789/1‑150 (MQ=255) tGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGc > 2:3700798/1‑150 (MQ=255) cTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGccc > 1:5553372/1‑150 (MQ=255) tGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCcg > 1:1335827/1‑150 (MQ=255) tGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACAGCGCCGCCCGCAGGCCGTGCGATATCcctgtgggagcgggcctgcccg < 1:8469959‑M2/150‑23 (MQ=255) tGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCACCCACAGGTACTGCGCCGCCCGCAGGCCTTGCGATATCcctgtgggggcgggccaggccg < 1:805464‑M2/150‑23 (MQ=255) ccccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGGGGGCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGc > 2:5440142/1‑150 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGcc > 2:2021560/1‑150 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCGCAGGCCGTGCGATATCCCGGGGGGAGCGGGCCTGCCCGCGAAAGGGcc > 1:1013323/1‑150 (MQ=39) ccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCCCGCCCACCGGTACAGCGCCGCCCACCGGCCGTGCGATATCCCTGTGGGCGCGGGCCTGCCCCCGCAAGGGCCg > 1:2275229/1‑150 (MQ=255) 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CCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGa < 1:211402‑M1/150‑1 (MQ=255) CGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGAc < 2:7360544‑M1/150‑1 (MQ=255) gCTCCCACCGGgatatcgcacggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcact < 2:1761177‑M1/150‑140 (MQ=255) gCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcact < 2:8133211‑M2/150‑110 (MQ=255) GCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACa < 1:7210656‑M1/150‑1 (MQ=255) GCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACa < 1:2765892‑M1/150‑1 (MQ=255) TCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACaaa < 2:1450517‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCACCGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAg > 1:7855945‑M1/1‑150 (MQ=255) ccACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccc < 1:3182577‑M2/150‑114 (MQ=255) CCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAgg < 2:2971667‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAgg < 2:486256‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCGCACCACTACACGACAAAgg < 1:8125570‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCGGGCAACGGCGCCAGCCCGCACCCCGTCACCACAAAgg < 1:4679679‑M1/150‑1 (MQ=255) cacaGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccct > 1:3305783‑M1/1‑6 (MQ=255) cacaGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccct > 1:7009970‑M1/1‑6 (MQ=255) cacaGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccct > 1:8575945‑M1/1‑6 (MQ=255) cacaGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccct > 1:8189890‑M1/1‑6 (MQ=255) cacaGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccct < 1:4773714‑M2/150‑115 (MQ=255) acaGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccctc > 1:1731640‑M1/1‑5 (MQ=255) aGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgggcgtgtccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccctccc < 1:8743001‑M1/150‑148 (MQ=255) AGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGcc < 2:3092372‑M1/150‑1 (MQ=255) gggatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccctccca > 2:4196283‑M1/1‑2 (MQ=255) ggatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccctcccat > 1:5861287‑M1/1‑1 (MQ=255) ggatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccctcccat > 2:5016682‑M1/1‑1 (MQ=255) GTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGt < 2:5952981‑M1/150‑1 (MQ=255) GTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGt > 1:1565469‑M1/1‑150 (MQ=255) GTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCAAAACACGACAAAGGCGCcgg < 1:3840147‑M1/150‑2 (MQ=255) | CCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGT > NC_002947/1904074‑1904372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |