| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2104949 | 140 (0.370) | 33 (0.090) | 9/256 | NT | 22.2% | intergenic (‑68/‑137) | PP_1875/PP_1876 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator/AAA family ATP/GTP‑binding protein |
| ? | NC_002947 | = 2105048 | 102 (0.290) | intergenic (‑167/‑38) | PP_1875/PP_1876 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator/AAA family ATP/GTP‑binding protein | |||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCCAAAAAACTGAGATTGTTAGGAGTCGTCATGGACGCTCGCT > NC_002947/2104800‑2105098 | ttgcttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCtt < 2:7715788/150‑1 (MQ=255) ttgcttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCtt < 2:6983001/150‑1 (MQ=255) tgcttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTg < 2:8779853/150‑1 (MQ=255) tgcttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTAATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTg < 1:5942949/150‑1 (MQ=255) gcttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTgg < 1:5346321/150‑1 (MQ=255) gcttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGCCCCCGCTTgg < 1:2841780/150‑1 (MQ=255) gcttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGCCCCCGCTTgg < 1:3628725/150‑1 (MQ=255) cttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGCCCCCGCTTGgc < 1:1719076/150‑1 (MQ=255) cttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGCCCCCGCTTGgc < 2:279553/150‑1 (MQ=255) cttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGCCCCCGCTTGgc < 1:6868418/150‑1 (MQ=255) ttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGgcg < 1:1731310/150‑1 (MQ=255) ttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGgcg > 2:1865466/1‑150 (MQ=255) tgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGgcgc < 2:4520157/150‑1 (MQ=255) tgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGgcgc < 2:1517141/150‑1 (MQ=255) tgTAGGACAGGCGATTGGTGAACTGGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGGTCCTTGCGCTGCGCAAGCATCGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGgcgc < 2:2393101/150‑1 (MQ=255) gTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGcc > 2:2491457/1‑150 (MQ=255) tATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGccc > 1:6519327/1‑150 (MQ=255) tATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGccc < 1:1916456/150‑1 (MQ=255) tATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGCCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGccc < 2:6175523/150‑1 (MQ=255) gACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTc > 1:2910289/1‑150 (MQ=255) gACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATAGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGAGccccac > 1:4222982/1‑148 (MQ=255) aCAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGTGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCTAATAGCCCGGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTAATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTcc < 2:4691362/150‑1 (MQ=255) cggCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCGTGGCGCCCCTCcgc > 2:287193/2‑150 (MQ=255) 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ggTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGc < 2:2191220/150‑1 (MQ=255) gTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCGTGcc > 2:3255922/1‑150 (MQ=255) ttGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGCTcc > 2:4990027/1‑150 (MQ=255) gATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTgcgcgcccctccgcgggcttgcccgctccca < 2:7838719‑M1/150‑32 (MQ=255) gATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCca < 2:5861824/150‑1 (MQ=255) gATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCca < 2:8198473/150‑1 (MQ=255) atagCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATCGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCGGTCGGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCcac < 2:3099769/150‑1 (MQ=255) tatCCATTAGTCCCGAGCCTTTTTCCCTTTCCTTGCGCTGCGAAAGAATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTTTTAATTTCAGTTCATCGCAAAGCGGGGGCCGATTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCcaca < 1:211707/150‑1 (MQ=255) tatCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCcaca < 2:3631917/150‑1 (MQ=255) tatCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCGTGGCGCCCCTCCGCGGGCGTGCCCGGTcccccc > 2:6617075/1‑147 (MQ=255) 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cAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTgcgcgcccctccgcgggcttgcccgctcccacagggcttgcgttcagcctggggctaagctgtacctgtgggaac < 1:2709238‑M1/150‑76 (MQ=255) acgCATCGCCGAATCGCCCCGGCTGCGGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGAGCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCg < 1:8259966/148‑1 (MQ=255) aaGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCg < 2:6676455/150‑1 (MQ=255) aGCATCGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTtggcgcccctccgcgggcttgcccgctcccacagggcttgcgttcagcctggggctaagctgtacctgtgggaacgg < 1:8787296‑M1/150‑78 (MQ=255) aGCATAGCCGTATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTGGAGCGCCAAGCGGGGGCCGCTtggcgcccctccgcgggcttgcccgctcccacagggcttgcgttcagcctggggctaagctgtacctgtgggaacgg < 2:4665181‑M1/150‑78 (MQ=255) aGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTtggcgcccctccgcgggcttgcccgctcccacagggcttgcgttcagcctggggctaagctgtacctgtgggaacgg < 2:7058841‑M1/150‑78 (MQ=255) aGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTtggcgcccctccgcgggcttgcccgctcccacagggcttgcgttcagcctggggctaagctgtacctgtgggaacgg < 2:6023652‑M1/150‑78 (MQ=255) aGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTtggcgcccctccgcgggcttgcccgctcccacagggcttgcgttcagcctggggctaagctgtacctgtgggaacgg < 1:4990027‑M1/150‑78 (MQ=255) aGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTgcgcgcccctccgcgggcttgcccgctcccacagggcttgcgttcagcctggggctaagctgtacctgtgggaacgg < 1:4340521‑M1/150‑78 (MQ=255) aGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCgg < 1:5681908/150‑1 (MQ=255) aGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCgg < 1:1262567/150‑1 (MQ=255) gCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTtggcgcccctccgcgtgcttgcccgctcccaccgggcttgcgttcagcctggggcttagctgtacctgtgggaacgtg < 2:5470904‑M1/150‑79 (MQ=255) gCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTATCCCCCGGCGGAACGCAAGCCCAGTGGGAGCggg > 2:1333957/1‑150 (MQ=255) gCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCCTTCCCACAGGTGAAGCGTAGCCCCCCGCGGGACCCCAGCCCGGGGGGCGCggg > 2:5272690/1‑150 (MQ=255) cATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTtggcgcccctccgcgggcttgcccgctcccacagggcttgcgttcagcctggggctaagctgtacctgtgggaacgggc < 2:7288497‑M1/150‑80 (MQ=255) tAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCaa < 2:1927994/150‑1 (MQ=255) gCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCCGTGCCACAGGGTCAGCTTAGCCCCCGGCTGTAACCCAGCCCCGGGGGGGCgggggagc > 2:7468918/1‑145 (MQ=255) aaTAGCCCGGGCGGCTGGTGGGGCGGTCTGTTCATTTCAGTTGCTCGCCACGCGGGGGCCGCTGGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCcgc < 2:2273757/150‑1 (MQ=38) aGCCCCGGCTGCTGGTGGGGCTGTCTGTTCATTTCCGTTGCCCGCCACGCGGGGGCCGCTGGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcgctcc < 1:152464/150‑4 (MQ=38) ccccGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTGCGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACCGGAACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGGAgg < 2:689993/150‑1 (MQ=255) 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aaGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCCCGGGCGTGCCCCGTCCCCCCCGTACACCGTTGCCCCCCCCGGAACCCAACCCCCCGGGGCGCGGGCCCCCCCCCCCGGGGGCGCGCCCCCGCCCCCCAAAAACAGAGAGTGGTAGGAggcggc > 2:4839744/1‑148 (MQ=255) gCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCGTGCCCCTTCCCACACGTACAGCTTAGCCCCAGGCGGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCAACCCCGCGGCGGGGCGCGCAGCGGCCCCCAAAAAACTGAGATTGTTAGGAGTCGTCATGGAcgc > 2:1247045/1‑150 (MQ=255) | CTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCCAAAAAACTGAGATTGTTAGGAGTCGTCATGGACGCTCGCT > NC_002947/2104800‑2105098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |