New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1446649 | NA (NA) | 324 (0.880) | 130/270 | NT | 100% | intergenic (+37/+395) | PP_1260/ghrB | transposase/2‑ketoaldonate reductase/hydroxypyruvate/glyoxylate reductase |
? | NC_002947 | 1849440 = | 0 (0.000) | coding (345/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
Only 100 of 793 total aligned reads displayed.
CGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGCGCAGG > NC_002947/1849291‑1849589 | ggcttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccacgaccggcaggtcggggctttgcttcgcaacgcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgag < 1:7069096‑M2/1‑1 (MQ=255) gcttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaga < 1:4020681‑M2/2‑1 (MQ=255) gcttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaga < 2:5098386‑M2/2‑1 (MQ=255) gcttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaga < 1:20367‑M2/2‑1 (MQ=255) gcttatgttgaacaaggtcttgaggagttagaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggcttttcttagaaaagcccggaaaatgggggatcaaaaggtggccgcttgagggcttagaaaacaatggggtgcaatttgttttatgaga > 2:5582203‑M2/149‑150 (MQ=255) gcagcaGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGA > 2:4050338‑M2/1‑150 (MQ=255) gattatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaga < 1:4807472‑M2/2‑1 (MQ=255) agcGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatca > 2:3800389‑M2/1‑146 (MQ=255) gttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgggtcgcaaatcccgggaaatggggtatcaacaggtggccgcgtgtggggttagaaaacaaagggttgcattttttttgatgaGAGTTggg > 2:7584859‑M2/143‑150 (MQ=255) ttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagacgccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaacctggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGt < 1:2690092‑M2/9‑1 (MQ=255) tGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCGGGAGatcaccca > 1:7405860‑M2/1‑142 (MQ=255) ggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagccccgaaacaggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgttttttgaGGGTTGGGTGCCGGTAc > 2:6196261‑M2/134‑150 (MQ=255) tGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttcc > 2:1283542‑M2/1‑134 (MQ=255) gCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccg > 2:8623399‑M2/1‑133 (MQ=255) cTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcg < 1:3727334‑M2/150‑25 (MQ=255) gATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctg < 1:8247017‑M2/150‑28 (MQ=255) ggctctacCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGGGGTGGCCGAAGACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagccctgccgggctgcgctgg < 1:6053981‑M2/148‑29 (MQ=255) gaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcgtgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgttgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCAgggcggcc > 2:576632‑M2/119‑149 (MQ=255) 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gcccagcAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaa < 2:3118079‑M2/150‑40 (MQ=255) agaccggcaggtccgggcttttcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTc < 2:6789804‑M2/46‑1 (MQ=255) gcagGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatga > 1:6862652‑M2/1‑106 (MQ=255) ggCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggt > 2:656397‑M2/1‑103 (MQ=255) gcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCg < 2:444865‑M2/52‑1 (MQ=255) gtccgggctttgcttcgcaacgcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGt < 2:1638589‑M2/56‑1 (MQ=255) gtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGt < 1:4378470‑M2/56‑1 (MQ=255) cgggctttgcgaagcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTggg > 2:6367078‑M2/92‑150 (MQ=255) ggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGcc > 1:6189037‑M2/90‑150 (MQ=255) gctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCa < 1:8785075‑M2/62‑1 (MQ=255) ctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAg < 2:7140572‑M2/63‑1 (MQ=255) cACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgca > 1:7128237‑M2/1‑84 (MQ=255) tcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTg > 2:3077128‑M2/81‑150 (MQ=255) cgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGc < 1:7894026‑M2/71‑1 (MQ=255) ggCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgcggtgtacggcttcagttccgcagcg < 2:1114036‑M2/150‑70 (MQ=255) gCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcga > 2:8308608‑M2/1‑80 (MQ=255) caaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCgg > 2:7368607‑M2/78‑150 (MQ=255) aaagcccggaaactggggtatcaactggtggctgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGt < 2:7853662‑M2/74‑1 (MQ=255) cggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCgggg > 1:639389‑M2/71‑150 (MQ=255) gaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGc > 2:3521734‑M2/69‑118 (MQ=255) gaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGcc < 1:1019863‑M2/82‑1 (MQ=255) ccAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacctgaggtgtacggcttcagttacgcagcgacgctgacagt < 1:415486‑M2/150‑81 (MQ=255) cAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattt < 1:2234821‑M2/150‑82 (MQ=255) aGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacatttt > 2:8162483‑M2/1‑68 (MQ=255) aGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacatttt > 1:2478596‑M2/1‑68 (MQ=255) aGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacatttt > 1:6490111‑M2/1‑68 (MQ=255) tCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgaccttttgaa < 1:860913‑M2/150‑86 (MQ=255) tCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaa > 1:5430913‑M2/1‑65 (MQ=255) gcgGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaa > 1:7487504‑M2/1‑63 (MQ=255) cgGTGGTGGCCGAATACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaa > 2:2727854‑M2/1‑62 (MQ=255) 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tttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATtctctc > 2:5383808‑M2/13‑150 (MQ=255) tttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATtctctc > 1:3171483‑M2/13‑150 (MQ=255) tttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATtctctc > 1:2843415‑M2/13‑150 (MQ=255) cTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagg > 1:7273454‑M2/1‑14 (MQ=255) tgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCa < 2:4925316‑M2/140‑1 (MQ=255) tGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccgtttgcgttgttaggg < 1:965611‑M2/150‑138 (MQ=255) tttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGt > 2:926172‑M2/9‑150 (MQ=255) tGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgt > 2:295269‑M2/1‑8 (MQ=255) cAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgt > 1:1916243‑M2/1‑6 (MQ=255) cAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgt > 1:3334719‑M2/1‑6 (MQ=255) gaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATtctct > 2:1846077‑M2/3‑139 (MQ=255) gagatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaaaacgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgtgcg < 1:7677301‑M2/150‑148 (MQ=255) | CGCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGCGCAGG > NC_002947/1849291‑1849589 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |