| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 3976787 = | NA (NA) | 299 (0.920) | 124/240 | NT | 100% | intergenic (+177/‑203) | PP_3501/PP_3502 | transposase/transposase |
| ? | NC_002947 | 4578248 = | 0 (0.000) | intergenic (+63/‑74) | PP_4054/glgX | hypothetical protein/glycogen debranching enzyme | |||||
Only 100 of 1250 total aligned reads displayed.
GCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAGAAAACCCGCTCGGTCGCACCATCGCGCATTCGCGAAGGCATGCCCTTCCCCCTCG > NC_002947/4578099‑4578397 | cttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaa < 1:3481789‑M2/1‑1 (MQ=255) ttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAg > 1:1984944‑M2/149‑150 (MQ=255) ttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAg > 2:4892930‑M2/149‑150 (MQ=255) cGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGa < 2:5079926‑M1/150‑2 (MQ=255) gcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCg < 2:743389‑M2/4‑1 (MQ=255) gAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTG‑AAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGatt < 1:1820519‑M1/150‑4 (MQ=255) cttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtgctgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCgg < 2:6591362‑M2/5‑1 (MQ=255) cttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCgg < 1:2660242‑M2/5‑1 (MQ=255) ttctattgtcgcttgctcgcgaggcattcgttatcggcggttgggtgttgaaaggaggagtggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaatcgagttatggccatcctcctcgcttcaagtcctagcatacaAGAggg > 2:5646348‑M2/145‑150 (MQ=255) ttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCggg > 2:7019865‑M2/145‑150 (MQ=255) ttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCggg > 2:1965151‑M2/145‑150 (MQ=255) ttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCggg > 2:2422463‑M2/145‑150 (MQ=255) ttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCggg > 1:1656264‑M2/145‑150 (MQ=255) ttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCggg > 2:858581‑M2/145‑150 (MQ=255) tctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGt < 2:221152‑M2/7‑1 (MQ=255) ctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGtt > 2:1626465‑M2/143‑150 (MQ=255) tattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGttt > 1:1153235‑M2/142‑150 (MQ=255) cAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGattctat > 1:7275349‑M1/1‑143 (MQ=255) 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gtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTAccc > 1:8461006‑M2/138‑150 (MQ=255) tcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCcg < 1:8160116‑M2/14‑1 (MQ=255) tcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCcg > 1:2213502‑M2/137‑150 (MQ=255) ggcTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGattctatggccgg < 2:3920517‑M1/150‑14 (MQ=255) cttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctcccatacaAGCGGGTGTACCCGCGa > 2:6183178‑M2/134‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |