| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 7,288 | T→A | 5.1% | N289I (AAC→ATC) ‡ | oxaA ← | membrane protein insertase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 7,288 | 0 | T | A | 5.1% | 1079.9 / 30.0 | 316 | N289I (AAC→ATC) ‡ | oxaA | membrane protein insertase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/164); new base A (3/13); total (139/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
GGGACAACTCTTTCAGCTTGGACTGGATCTTCGGGCCGGCGTACAGCAGGGCACTGGTTTCGACCTTGCCGCCAGCCGGTACGCTGATAACCGGGCCGGTGTAGCCGATGATGTAGTTGCCCTGGCTATCCTTGCGGGTCTGGACAACGTTGTTGTCCGACTTGGCCGGAATCCAGGCGGTCACGAAGTAGTGCTGCAGCCAGGCAACCCAGCCGCCGGACACATTTTCTTTCAAACTACCTTTGTCGATGTCCTTCATCGAGACCTTTTTGTAAGGCTCAGAAGCTGTCCACAGGGCA > NC_002947/7139‑7437 | gggACAACTCTTTCAGCTTGGACTGGATCTTCGGGCCGGCGTACAGCAGGGCACTGGTTTCGACCTTGCCGCCAGCCGGTACGCTGATAACCGGGCCGGTGTAGCCGATGATGTAGTTGCCCTGGCTATCCTTGCGGGTCTGGACAACgt < 2:1872981/150‑1 (MQ=255)gggACAACTCTTTCAGCTTGGACTGGATCTTCGGGCCGGCGTACAGCAGGGCACTGGTTTCGACCTTGCCGCCAGCCGGTACGCTGATAACCGGGCCGGTGTAGCCGATGATGTAGTTGCCCTGGCTATCCTTGCGGGTCTGGACAACgt < 2:3137641/150‑1 (MQ=255) gACAACTCTTTCAGCTTGGACTGGATCTTCGGGCCGGCGTACAGCAGGGCACTGGTTTCGACCTTGCCGCCAGCCGGTACGCTGATAACCGGGCCGGTGTAGCCGATGATGTAGTTGCCCTGGCTATCCTTGCGGGTCTGGACAACgttg > 2:8153655/1‑150 (MQ=255) 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tctTTCAGCTTGGACTGGATCTTCGGGCCGGCGTACAGCAGGGCACTGGTTTCGACCTTGCCGCCAGCCGGTACGCTGATAACCGGGCCGGTGTAGCCGATGATGTAGTTGCCCTGGCTATCCTTGCGGGTCTGGACAACAACGTTGTcc < 1:6015420/150‑1 (MQ=255) ctTTCAGCTTGGACTGGATCTTCGGGCCGGCGTACAGCAGGGCACTGGTTTCGACCTTGCCGCCAGCCGGTACGCTTATAACCGGGCCGGTGTAGCCGATGATGTAGTTGCCCTGGCTATCCTTGCGGGTCTGGACAACAACGTTGTcca < 1:4729902/150‑2 (MQ=255) tttCAGCTTGGACTGGATCTTCGGGCCGGCGTACAGCAGGGCACTGGTTTCGACCTTGCCGCCAGCCGGTACGCTGATAACCGGGCCGGTGTAGCCGATGATGTAGTTGCCCTGGCTATCCTTGCGGGTCTGGACAACGTTGTTGTCCGa > 1:5715743/1‑150 (MQ=255) tttCAGCTTGGACTGGATCTTCGGGCCGGCGTACAGCAGGGCACTGGTTTCGACCTTGCCGCCAGCCGGTACGCTGATAACCGGGCCGGTGTAGCCGATGATGTAGTTGCCCTGGCTATCCTTGCGGGTCTGGACAACGTTGTTGTCCGa > 2:2591722/1‑150 (MQ=255) cAGCTTGGACTGGATCTTCGGGCCGGCGTACAGCAGGGCACTGGTTTCGACCTTGCCGCCAGCCGGTACGCTGATAACCGGGCCGGTGTAGCCGATGATGTAGTTGCCCTGGCTATCCTTGCGGGTCTGGACAACGTTGTTGTCCGACtt < 1:1274337/150‑1 (MQ=255) 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ttgttgTCCGACTTGGCCGGAATCCAGGCGGTCACGAAGTAGTGCTGCAGCCAGGCAACCCAGCCGCCGGACACATTTTCTTTCAAACTACCTTTGTCGATGTCCTTCATCGAGACCTTTTTGTAAGGCTCAGAAGCTGTCCACAGGgca > 2:6488709/1‑150 (MQ=255) | GGGACAACTCTTTCAGCTTGGACTGGATCTTCGGGCCGGCGTACAGCAGGGCACTGGTTTCGACCTTGCCGCCAGCCGGTACGCTGATAACCGGGCCGGTGTAGCCGATGATGTAGTTGCCCTGGCTATCCTTGCGGGTCTGGACAACGTTGTTGTCCGACTTGGCCGGAATCCAGGCGGTCACGAAGTAGTGCTGCAGCCAGGCAACCCAGCCGCCGGACACATTTTCTTTCAAACTACCTTTGTCGATGTCCTTCATCGAGACCTTTTTGTAAGGCTCAGAAGCTGTCCACAGGGCA > NC_002947/7139‑7437 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |