| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,646,791 | A→C | 5.6% | Q21P (CAG→CCG) | PP_2312 → | lytic transglycosylase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,646,791 | 0 | A | C | 5.6% | 1413.6 / 48.2 | 415 | Q21P (CAG→CCG) | PP_2312 | lytic transglycosylase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (172/219); new base C (17/7); total (189/226) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 420 total aligned reads displayed.
CATGCTGTTGCCGTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCACCAGCAAAGTACTGCGAGTGCTGGTCAACCAGAGCCGCAACAGTTCTGGTGAGGTGAAGGGTGAGCCAGTCGGCATCGAGT > NC_002947/2646642‑2646940 | cATGCTGTTGCCGTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCa < 1:428990/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGCCGTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCCGgc > 2:2283091/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGCCGTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGgc < 2:3706327/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGCCGTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGgc < 2:7521420/150‑1 (MQ=255) gCCGTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTc < 2:361662/150‑1 (MQ=255) ccGTGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCg > 2:8223475/1‑150 (MQ=255) tGGTCTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCAAGGATGCCGCTCACCGACCACGGACCCCTTTTCGCATGCAGCGATGCAGGCTCATTTTTATGCTGACCCGGGGGGTGGCCTTTGCCCGTCCCCCCCACGCGCGCTCGCCg > 1:2443206/1‑150 (MQ=255) cTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCCGGCGAGCGCGCCTGGGc < 1:303890/150‑1 (MQ=255) cTTTTACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGc < 1:5198312/150‑1 (MQ=255) ttttACCGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGcc > 2:3451942/1‑150 (MQ=255) ccGTCGTTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCGGCCCCGGCGAGCGCGCCTGGGcgggacc < 1:6853422/150‑7 (MQ=255) ccGTCGTTTATCAAATGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCACAACCACCACGGACAACTTTTAGCATGCACCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCAGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCCGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCgcagc > 2:1734995/1‑150 (MQ=255) cgtcgtTTATCACTTGGCGGTGCACCCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTGTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCgcagca < 1:4397592/150‑1 (MQ=255) tcgtTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCaaa < 1:3444672/150‑1 (MQ=255) tcgtTTATCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCaaa < 1:7884214/150‑1 (MQ=255) tCACTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATAcc > 1:470213/1‑150 (MQ=255) aCTTGGCGGTGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGc > 1:4792444/1‑150 (MQ=255) tGCAACCCATGGATGCCGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAgg < 1:915593/150‑1 (MQ=255) 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cGCTCACCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCa < 2:1249458/150‑1 (MQ=255) aCCGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTc < 2:1157052/150‑1 (MQ=255) cGACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTAGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGc > 1:3777584/1‑150 (MQ=255) gACCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATGTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCa < 2:8288532/150‑1 (MQ=255) aCCACGGACACGTTTTCGCATGCAGCGATGCTGGCTCATTTTTCTGCTGACGCTGGGGTTGGCCTTTGCCGGTCCCGCCCAGGCGCGCTCGCCGGGGCCGCAGCAAAACATACCGCCTGCCAAGGTGCGTGACCTGGCGCAGATTCGCAc < 2:8451873/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |