Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,873,481 | G→T | 7.3% | intergenic (+28/‑903) | PP_2520 → / → PP_2522 | hypothetical protein/transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,873,481 | 0 | G | T | 7.3% | 1115.7 / 52.9 | 335 | intergenic (+28/‑903) | PP_2520/PP_2522 | hypothetical protein/transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (145/165); new base T (6/19); total (151/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
CGCTAATGTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCGGCG > NC_002947/2873332‑2873630 | tAATGTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCa < 1:147907/150‑1 (MQ=255) gTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCaagaa < 2:1495196/150‑1 (MQ=255) tCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCaagaag > 2:1081558/1‑150 (MQ=255) 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aaaGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCa < 1:6570247/150‑1 (MQ=255) aaaGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCa > 2:6186216/1‑150 (MQ=255) aaGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCAt < 2:3128352/150‑1 (MQ=255) cTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCaaa < 2:2718550/150‑1 (MQ=255) tCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAAc > 1:4427638/1‑150 (MQ=255) 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tcCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctg > 2:1610946/1‑150 (MQ=255) ggggcAGTCTTCTTGACGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggct > 2:5680538/5‑150 (MQ=255) cGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggct < 1:1081558/150‑1 (MQ=255) cGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggct < 1:4755475/150‑1 (MQ=255) gCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggctg > 2:8324077/1‑150 (MQ=255) 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ttCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCg > 1:1634165/1‑150 (MQ=255) ttCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCg < 1:8292981/150‑1 (MQ=255) | CGCTAATGTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCGGCG > NC_002947/2873332‑2873630 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |