| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,873,483 | C→G | 7.2% | intergenic (+30/‑901) | PP_2520 → / → PP_2522 | hypothetical protein/transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,873,483 | 0 | C | G | 7.2% | 1105.6 / 56.4 | 331 | intergenic (+30/‑901) | PP_2520/PP_2522 | hypothetical protein/transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (145/162); new base G (5/19); total (150/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
CTAATGTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCGGCGA > NC_002947/2873334‑2873631 | cTAATGTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTc < 1:4237053/150‑1 (MQ=255)cTAATGTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTc < 1:8649610/150‑1 (MQ=255) tAATGTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCa < 1:147907/150‑1 (MQ=255) 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tcCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctg > 1:6388228/1‑150 (MQ=255) tcCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACAGTCCCGCgctg < 2:1765307/150‑1 (MQ=255) ccGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggc > 2:1008596/1‑150 (MQ=255) ggggcAGTCTTCTTGACGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggct > 2:5680538/5‑150 (MQ=255) cGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggct < 1:4755475/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |