Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,873,485 | A→C | 7.2% | intergenic (+32/‑899) | PP_2520 → / → PP_2522 | hypothetical protein/transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,873,485 | 0 | A | C | 7.2% | 1068.6 / 52.7 | 319 | intergenic (+32/‑899) | PP_2520/PP_2522 | hypothetical protein/transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (142/154); new base C (5/18); total (147/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.23e-01 |
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
AATGTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCGGCGAACC > NC_002947/2873336‑2873634 | gTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCaagaa < 2:1495196/150‑1 (MQ=255) cgcgTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAagaaga < 1:4150844/150‑1 (MQ=255) cgcgTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAagaaga < 1:2479423/150‑1 (MQ=255) gcgTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGAc > 2:2297312/1‑150 (MQ=255) cgTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGACt < 1:635875/150‑1 (MQ=255) tCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGACTga < 1:4799834/150‑2 (MQ=255) tCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGACTga < 1:6626540/150‑2 (MQ=255) tCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGACTga < 1:5456347/150‑2 (MQ=255) 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tgtgCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGACTgagcggga < 2:4170287/150‑8 (MQ=255) tgtgCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGACTgagcggga < 1:8493645/150‑8 (MQ=255) gtgCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGGAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGc > 1:6420443/1‑150 (MQ=255) tgCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGcc < 1:5692157/150‑1 (MQ=255) gCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCcg > 2:810605/1‑150 (MQ=255) 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cGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggct < 1:1081558/150‑1 (MQ=255) gCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggctg > 2:8324077/1‑150 (MQ=255) gcAGTCTTCTTGACGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGAc > 1:7435568/2‑150 (MQ=255) aGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGt > 1:2397400/1‑150 (MQ=255) aGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGt > 1:6166359/1‑150 (MQ=255) 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agaagaCTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCGGCGAAcc > 1:4924065/1‑150 (MQ=255) | AATGTCGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCGGCGAACC > NC_002947/2873336‑2873634 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |