| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,878,750 | C→G | 5.8% | intergenic (+64/+18) | cigR → / ← PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,878,750 | 0 | C | G | 5.8% | 767.5 / 28.1 | 240 | intergenic (+64/+18) | cigR/PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (148/74); new base G (6/8); total (154/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.51e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACCCC > NC_002947/2878602‑2878899 | gTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgca < 1:2390269/150‑1 (MQ=255) tGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcag > 1:6053421/1‑150 (MQ=255) tGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcag > 2:1809010/1‑150 (MQ=255) tGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcag > 2:246965/1‑150 (MQ=255) tGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcag < 1:1743854/150‑1 (MQ=255) gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcagca < 1:1357466/150‑1 (MQ=255) gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcagca < 1:3751563/150‑1 (MQ=255) gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTAGGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcagca < 2:6612131/150‑1 (MQ=255) tGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCagcagc > 2:6024803/1‑150 (MQ=255) tGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCagcagc > 2:4561771/1‑150 (MQ=255) gCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGTTGGGCTGCTGCGCAGcc < 2:418124/150‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGcc < 2:6265964/150‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGcc < 2:5424479/150‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGcc > 1:1013958/1‑150 (MQ=255) aaGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCTGCGCAGCCCa < 2:4986506/150‑1 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCTGCGCAGCCCatc < 2:1680728/150‑3 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAAc > 1:3034668/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGTCCTTATTGTGGTCGCCGTGGCGTGCGGTATCATATATGAGGTGTTGAAGGGTGCATTCGACTAATGCCGCAGTTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCATGCAGGCGCGGGCGTGCCTTAGATGTTCTGCTGCGCAGCCCATCgca < 2:1754082/150‑3 (MQ=255) ggCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGTTGGGCTGCTGCGCAGCCCATCgca < 2:43599/150‑3 (MQ=255) ggCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCTGCGCAGCCCATCgca < 1:2210376/150‑3 (MQ=255) gcgcAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGcc > 2:8818653/1‑150 (MQ=255) aGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATc > 2:7019485/1‑150 (MQ=255) aCCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGTATAATCTAGGTGGTGTTGAACGGGGAATTCGACTACGGCCGCAGGTGCGAGCTGTCCGCTCGGTCCCTGCTGGCGCTGGCGTGCCTGCGTTGGGCTGCGCAGCTGCCCAACGGCCTATCaa < 2:5111599/150‑1 (MQ=255) aCCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCaa > 2:8353282/1‑150 (MQ=255) tGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGc > 1:8144892/1‑150 (MQ=255) gatcccggTCGCCACGGCGACCAGAATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCt > 1:4202610/7‑150 (MQ=255) cggTCGCCACGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGTAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGt > 1:7086117/2‑150 (MQ=255) ccGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACAcc > 1:6661957/1‑150 (MQ=255) gTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACcgc > 1:1289210/1‑150 (MQ=255) gCGACCGGGATCATCTATGAGGTCTTGAACGGGGCAGTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCACTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCACCGGCCTATCAACCCTGCCGTAACACCGCGGc > 2:2953624/1‑150 (MQ=255) cattcTTTGTGGTTTTTACCGGGGCATTCGAATAAGCCCGCTGGGGCGAGCAGCCCGCTCGGTCCCGGCAGGGGCTGGGGTGCCTGCTTGGGGCTGCGCAGCCGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAga < 2:392909/147‑2 (MQ=255) tcTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTc > 1:4540102/1‑150 (MQ=255) tcTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTc > 1:6675565/1‑150 (MQ=255) 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gcTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCa > 2:1009959/1‑150 (MQ=255) gggggttGCCTGCGTTGGGCTGCGCAGCAGCCAAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCaa < 2:232426/144‑1 (MQ=255) tGGGGTGCCTGCTTTGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAAt < 1:2890432/150‑1 (MQ=255) tGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAAt > 1:754138/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAAt > 1:1954486/1‑150 (MQ=255) 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tGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCa > 1:6246650/1‑150 (MQ=255) | GTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACCCC > NC_002947/2878602‑2878899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |