| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,878,751 | A→C | 9.0% | intergenic (+65/+17) | cigR → / ← PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,878,751 | 0 | A | C | 9.0% | 641.0 / 34.3 | 236 | intergenic (+65/+17) | cigR/PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (145/64); new base C (6/18); total (152/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACCCCC > NC_002947/2878602‑2878900 | tGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcag < 1:1743854/150‑1 (MQ=255) tGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcag > 2:1809010/1‑150 (MQ=255) tGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcag > 1:6053421/1‑150 (MQ=255) gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcagca < 1:1357466/150‑1 (MQ=255) gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcagca < 1:7852682/150‑1 (MQ=255) gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTAGGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcagca < 2:6612131/150‑1 (MQ=255) tGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCagcagc > 2:4561771/1‑150 (MQ=255) gCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGTTGGGCTGCTGCGCAGcc < 2:418124/150‑1 (MQ=255) 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cattcTTTGTGGTTTTTACCGGGGCATTCGAATAAGCCCGCTGGGGCGAGCAGCCCGCTCGGTCCC‑GGCAGGGGCTGGGGTGCCTGCTTGGGGCTGCGCAGCCGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAga < 2:392909/147‑2 (MQ=255) tcTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTc > 1:6674892/1‑150 (MQ=255) tATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAg > 1:6647971/1‑150 (MQ=255) tGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGca > 1:1851408/1‑150 (MQ=255) gtgtTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGcaccac > 1:10016/1‑150 (MQ=255) tgtTGAAGGGGGCATTCGACTAAGGCCGCTGGTGCTCGCAGCCCGCTCGGTCCC‑TGCTGGGGCTGGCGTGCCTGCGTTGGGCTGCGCCGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACcaca < 1:4372453/150‑1 (MQ=255) tgtTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACcaca > 2:8062444/1‑150 (MQ=255) ttGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAgc > 1:2050432/1‑150 (MQ=255) aagggggCATTCGACTAAGGCCGCCGGGGCGAGCAGCCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCTATGGGCTGCGCACCACCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGca < 2:1068487/147‑1 (MQ=255) aCGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGcac > 1:5853802/1‑150 (MQ=255) aCGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGcac > 2:3075155/1‑150 (MQ=255) gcatttCGACTACGGCCGGTGGTGCGCGCTGCCGGCTGGGCCCC‑TGCTGGGGGGGGGGGGCGTGGGGGGGGCTGCGCCCCCCCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCa < 1:888808/146‑1 (MQ=255) aTTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATgg < 2:7346214/150‑1 (MQ=255) ttCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGc > 1:2357174/1‑150 (MQ=255) ttCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGc > 2:75476/1‑150 (MQ=255) ttCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGc > 1:7555304/1‑150 (MQ=255) gACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAg > 1:2628671/1‑150 (MQ=255) gACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAg > 1:5363186/1‑150 (MQ=255) gACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAg > 1:6298244/1‑150 (MQ=255) accacggCCGCTGGGGCGCGCCGGCCGCGGGGCCCG‑TGCGGGCGGGGGGGGGCCTGCTTGGGGCTGCGCCCCCCCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGc < 1:6878428/145‑1 (MQ=255) 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cgttGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGGCCTATCAACGCTTCCGTAACACCCCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACCCCCCACGTTTCCAGCCGCCCGGCCAATACCAGCTAGaa > 1:5657826/4‑150 (MQ=255) cgttGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGGCCAATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACACCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCAGCCAATACCAGATAGaa > 2:5215795/4‑150 (MQ=255) cGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGaa < 2:6531366/150‑1 (MQ=255) cGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGaa > 2:7149527/1‑150 (MQ=255) ttGGGCTGCTGCGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACg > 2:6404669/2‑150 (MQ=255) 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tGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCa > 2:1010722/1‑150 (MQ=255) cagcacCCAAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCAcccc < 1:8111223/150‑1 (MQ=255) | GTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCC‑TGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACCCCC > NC_002947/2878602‑2878900 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |