| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,951,579 | G→C | 5.7% | P312R (CCG→CGG) ‡ | yijP ← | phosphoethanolamine transferase CptA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,951,579 | 0 | G | C | 5.7% | 1120.2 / 40.6 | 332 | P312R (CCG→CGG) ‡ | yijP | phosphoethanolamine transferase CptA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (156/156); new base C (14/5); total (170/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
CATTCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCGTG > NC_002947/2951430‑2951728 | aTTCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACgg > 2:5041099/1‑150 (MQ=255) aTTCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACgg < 2:1677213/150‑1 (MQ=255) ttCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACggg > 2:572357/1‑150 (MQ=255) gTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCt > 2:229932/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACCCGTCGCTGat < 1:6251015/150‑2 (MQ=255) tGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGaaa > 1:2078333/1‑150 (MQ=255) ttgttCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACgg > 1:5123080/1‑150 (MQ=255) gttCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTc < 1:8691888/150‑1 (MQ=255) gttCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTc > 2:6639833/1‑150 (MQ=255) tCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCg < 2:8196100/150‑1 (MQ=255) cAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCgg < 2:5376369/150‑1 (MQ=255) aGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCggg > 1:5035353/1‑150 (MQ=255) ggTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTTATCAAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCATCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGt < 1:646279/150‑1 (MQ=255) gTACACCGGTGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGtt > 2:2488253/1‑150 (MQ=255) gTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGACACGGTCCGGGtt > 1:2586389/1‑150 (MQ=255) tACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTc < 2:3687451/150‑1 (MQ=255) acCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGc > 2:6902030/1‑150 (MQ=255) acCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGc > 2:7038677/1‑150 (MQ=255) 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tCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCg > 2:7945059/1‑150 (MQ=255) tGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGaa > 2:8532005/1‑150 (MQ=255) gTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAAc < 2:1594869/150‑1 (MQ=255) tttGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACg > 2:6357712/1‑150 (MQ=255) gctgcGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGa < 2:6094443/150‑1 (MQ=255) gctgcGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGa > 2:453337/1‑150 (MQ=255) gctgcGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGATTGGTCTAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGa < 2:1192084/150‑1 (MQ=255) gctgcGAGAAGGTGGATAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGTTTGGTGATCCATAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCCGGTGGATCAGCTACGTGCCGCTGAGGACACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGACCGTGa < 1:1532928/150‑1 (MQ=255) tgcGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAgg > 1:3726675/1‑150 (MQ=255) gaAGTTGGTGAGCATTGTGTTGCGATTGTTCATGGTCTGCTGGTTGGTGATAATGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCATCAGGTTGATGTGCGACGTGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATctg < 1:849524/150‑1 (MQ=255) 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gtggtgAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCtgctgc > 2:3991558/1‑150 (MQ=255) gtgAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATc < 2:1438232/150‑1 (MQ=255) cATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGGTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTc < 2:5836152/150‑1 (MQ=255) tGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGa < 1:4370785/150‑1 (MQ=255) gtgtTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATg < 2:4903800/150‑1 (MQ=255) 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2:604960/96‑1 (MQ=255) tgcctgTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCt < 1:3620033/150‑1 (MQ=255) ctgTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTggc < 1:4102303/150‑1 (MQ=255) tgTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTggcg < 2:8420482/150‑1 (MQ=255) gTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTggcgg < 1:2915478/150‑1 (MQ=255) gTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTggcgg < 2:3374455/150‑1 (MQ=255) ttCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGcc > 2:3199094/1‑150 (MQ=255) agcagGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAgc > 1:6549223/1‑150 (MQ=255) agcagGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAgc > 2:4579995/1‑150 (MQ=255) agcagGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAgc > 2:3507913/1‑150 (MQ=255) gcagGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAgcg > 1:6067119/1‑150 (MQ=255) 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tGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGa < 1:229932/150‑1 (MQ=255) tCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGt > 1:966616/1‑150 (MQ=255) tCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGt > 1:3402510/1‑150 (MQ=255) tCAGCGACCCGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGt > 1:747614/1‑150 (MQ=255) tCAGCGACCCGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGt > 1:5938734/1‑150 (MQ=255) 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gggTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCgtg > 2:7102529/1‑150 (MQ=255) | CATTCTGGTTGCGCTGGTTGTTCAGGTACACCGGCGCGTCTGTTTGCTGCGAGAAGGTGGTGAGCATGGTGTTGCGCTTGGTCAAGGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTCTTGTAGCCTGCCTGTTTCAGCAGGTTGATCAGCGACGGGTCGCTGAGGAAACGGTCCGGGTTCTGCTCGTCGCCGAACGTGAGGATCTGCTGCATCACTTCGATGGTGTACGGGCGCGGCGATACCACGTCGCGGAACACGGTCAGGCTCTTGTCGCTGGCGGCCAGCGCGTCGAGGTTGGGCGTG > NC_002947/2951430‑2951728 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |