Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,954,788 | A→T | 5.1% | intergenic (+61/+52) | PP_2583 → / ← oguA | acetyltransferase/8‑oxoguanine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,954,788 | 0 | A | T | 5.1% | 1008.1 / 24.2 | 322 | intergenic (+61/+52) | PP_2583/oguA | acetyltransferase/8‑oxoguanine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (160/143); new base T (7/10); total (167/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
TGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCACGACG > NC_002947/2954639‑2954936 | tGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCaaa > 1:1367192/1‑150 (MQ=255) tGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCaaa < 1:8526381/150‑1 (MQ=255) aGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTg > 1:4421806/1‑150 (MQ=255) 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gTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCAGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGcc < 2:2340053/150‑1 (MQ=255) gTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCAAGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGcc > 1:2817616/1‑150 (MQ=255) tGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCAGAGCAAGCCCTAAATTCACCCGGCGAAGCCGAGCATATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGAACAGCTGAAGGGCCAGCGGGTAGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCg > 2:6242919/1‑150 (MQ=255) ggCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGt > 2:1893414/1‑150 (MQ=255) gcatgcgcagcCCTTTGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTg > 2:2073327/5‑80 (MQ=38) gca‑gcgcagcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTAACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAATTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTc > 1:2478600/1‑150 (MQ=255) ca‑gcgcagcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCt < 2:1170188/150‑1 (MQ=255) gcgcagcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCttt < 1:2531432/150‑1 (MQ=255) cgcagcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTc < 2:4404394/150‑1 (MQ=255) gcagcCCTTTGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTg < 1:8121844/131‑1 (MQ=255) gcagcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTca < 2:7563039/150‑1 (MQ=255) cagcCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTcac > 2:155156/1‑150 (MQ=255) cAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCacga > 1:3302993/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCacgac > 2:6568933/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCacgac > 1:366903/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCacgac > 1:4761973/1‑150 (MQ=255) aaGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCacgacg > 2:4129201/1‑150 (MQ=255) | TGTACCAGAAACTGGGCTACCGATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCA‑GCGCAGCCCAAAGGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTTCACCACGACG > NC_002947/2954639‑2954936 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |