| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,987,684 | C→G | 5.2% | G163R (GGT→CGT) | PP_2608 ← | shikimate dehydrogenase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,987,684 | 0 | C | G | 5.2% | 1370.9 / 45.3 | 402 | G163R (GGT→CGT) | PP_2608 | shikimate dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (223/158); new base G (11/10); total (234/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 420 total aligned reads displayed.
CAGCAGGGCGGCGGACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGA > NC_002947/2987535‑2987833 | cagcagGGCGGCGGACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCAcc > 2:8565940/1‑150 (MQ=255) gcggACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCAtgcgtgcg < 1:3185117/150‑1 (MQ=255) ggACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCAAGCGTGCGGt > 2:7629354/1‑150 (MQ=255) aCAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACGCATGGGTGCGGtat < 2:755907/150‑3 (MQ=255) cAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCt < 2:3809563/150‑1 (MQ=255) cAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGCACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCt > 1:226097/1‑150 (MQ=255) aaCGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTg < 1:7369290/150‑1 (MQ=255) aaCGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTg < 1:4315884/150‑1 (MQ=255) aCGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTgg < 2:8056538/150‑1 (MQ=255) tggCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTggg < 2:7728336/149‑1 (MQ=255) cGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTggg < 2:8436288/150‑1 (MQ=255) ggCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTgggg > 1:6622971/1‑150 (MQ=255) cAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTc > 2:8774112/1‑150 (MQ=255) aGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCg > 2:4243435/1‑150 (MQ=255) ctctGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCa > 1:5099340/1‑150 (MQ=255) tctGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCag > 1:923575/1‑150 (MQ=255) ctGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCaga > 2:833890/1‑150 (MQ=255) ctGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCaga > 2:5929052/1‑150 (MQ=255) ggTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTAt > 1:677676/1‑150 (MQ=255) gCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCt < 1:1638716/150‑1 (MQ=255) ccATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTgg < 1:5647813/150‑1 (MQ=255) ccATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTgg > 1:1414448/1‑150 (MQ=255) cATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGc < 2:3153944/150‑1 (MQ=255) 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gTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAg > 2:7290139/1‑150 (MQ=255) gTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAg > 2:5259138/1‑150 (MQ=255) ttGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGt < 1:4176571/150‑1 (MQ=255) ttGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGt < 2:6107609/150‑1 (MQ=255) ccaccaGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCt > 1:346856/1‑103 (MQ=255) ccaccaGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCAt < 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ttCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCtt > 1:2521754/1‑150 (MQ=255) ttCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCtt > 1:1896519/1‑150 (MQ=255) cccagcaCCGCACGCATGGGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTtg > 2:7682978/7‑150 (MQ=255) ccagcaCCGCACGCATGGGTGCGGTACTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTtgt > 2:2382792/6‑150 (MQ=255) aCCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCa < 2:226097/150‑1 (MQ=255) 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CAGCAGGGCGGCGGACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGA > NC_002947/2987535‑2987833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |