| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,055,036 | A→T | 6.6% | intergenic (+16/‑125) | PP_2662 → / → PP_2663 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,055,036 | 0 | A | T | 6.6% | 803.1 / 33.5 | 270 | intergenic (+16/‑125) | PP_2662/PP_2663 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/144); new base T (12/6); total (120/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
GCTGTTCCATGACATCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCATGGAACCGCCCACCCGCTACCCAAGTAGCATTCGTCACCCACCACCACCTCCTTAAACTGATCACTCAGCCACCCCGTGCCGGAGACCACGATGCAGCAGGCTCATAACGACGGT > NC_002947/3054888‑3055184 | gcTGTTCCATGACATCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAg > 2:5443352/1‑150 (MQ=255) ttCCATGACATCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAggcgg < 2:1969655/150‑1 (MQ=255) ttCCATGACATCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGCCCGCTAggcgg > 1:946427/1‑150 (MQ=255) aTGACATCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGcccc > 1:8766653/1‑150 (MQ=255) aCATCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGaa < 1:5220703/150‑1 (MQ=255) cATCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAAt < 1:5401471/150‑1 (MQ=255) cATCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCGAGGCGGCCCCGAAt > 1:4998604/1‑150 (MQ=255) aTCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGGCGCTAGTGGGGCCCGAAtt > 1:6371149/1‑149 (MQ=255) aTCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGGCGCGAGGCGGgccccccag > 1:2429483/1‑145 (MQ=255) tCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCGAGGCGGCCCCGAATGa > 2:6320925/1‑150 (MQ=255) tCAACGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTATGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTACGCGGCCGGGGCCGCAAGGCGGCCCCGAATGa > 2:4560255/1‑150 (MQ=255) aaCGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGaca < 1:1956630/150‑1 (MQ=255) aaCGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCGAGGCGGCCCCGCAAGaca > 1:5095565/1‑150 (MQ=255) cGACAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑Cg < 2:6067325/150‑1 (MQ=255) cAACCTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTc < 1:7320000/150‑1 (MQ=255) ccTGAAACTGGTGGCCGAGTACACCCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCttt < 1:680659/150‑1 (MQ=255) cTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCtttt > 2:2063327/1‑150 (MQ=255) cTGAAACTGGTGGCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCtttt > 2:2669060/1‑150 (MQ=255) 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ggtggCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCAt < 2:1438240/150‑1 (MQ=255) ggtggCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCAt < 1:7409760/150‑1 (MQ=255) ggtggCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCAt < 2:1809017/150‑1 (MQ=255) gCCGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTGGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCATGGaa < 2:6256032/150‑1 (MQ=255) cGAGTACAACCAGTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCATGGAAcc < 1:1096072/150‑1 (MQ=255) 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gTTTTCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAAAGACC‑CGGTCGTTTACGCCCATGGAAccccccccccccga > 2:5857628/1‑146 (MQ=255) ttttCCATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCATGGAACCGCCCACCCGCTAc < 1:1444525/150‑1 (MQ=255) ccATCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑AGGGATTTTAAGCCCAAGGAACCGCCCACCcccaacccaa > 2:7758976/1‑150 (MQ=255) aTCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGATCGAAGACATCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCATGGAACCGCCCACCCGCTACCCAAGt < 2:4872425/150‑1 (MQ=255) aTCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCATGGAACCGCCCACCCACTACCCAAGt < 1:844832/150‑1 (MQ=255) aTCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCCCGAGGCGGCCCCCCAAGAAACCGGCGTTTTAGCCCCAGGGACCCCCCCCCCCcccacccacc > 1:8513472/1‑148 (MQ=255) tCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCATGGAACCGCCCACCCGCTACCCAAGTa < 2:4037726/150‑1 (MQ=255) tCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCATGGAACCGCCCACCCGCTACCCAAGTa < 1:5398068/150‑1 (MQ=255) tCGACGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCATGGAACCGCCCACCCGATACCCAAGTa < 1:3385468/150‑1 (MQ=255) aCGGGCATGACACCAGTGCGCAGAACGAAGACACCGATACCTTTGCGGTGGGCGCGGTGTTGACCTGGTAAGCGGCCGGGGCCGCTAGGCGGCCCCGAATGACA‑CGGTCTTTTACGCCCATGGAACCGCCCACCCGCTACCCAAGTAGCa > 2:4343788/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |