Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,062,790 | A→T | 5.3% | Y258* (TAT→TAA) ‡ | PP_5538 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,062,790 | 0 | A | T | 5.3% | 1452.2 / 42.7 | 421 | Y258* (TAT→TAA) ‡ | PP_5538 | ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (192/206); new base T (15/8); total (207/214) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 429 total aligned reads displayed.
ACAGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGTCACCGCGTTCGTCGGCCACCAGTACCACGTCGTACTCGGCAGTCTGGGTGAACAGCGGCATGTCGGCCTGGGCGCTGCGGCGCTGGTCGTTGTCGAAGGTCCAGGTTTTTTCCGC > NC_002947/3062641‑3062939 | acaGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGa > 2:8420396/1‑150 (MQ=255) aGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATa < 1:1710211/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACg > 2:7923662/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGt > 2:3180429/1‑150 (MQ=255) aGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCTACCAGACGTGGTATCCACGTcc < 1:3383888/150‑2 (MQ=255) gcggcgAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTgg < 1:5887747/150‑1 (MQ=255) gAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAggg < 2:1584660/150‑1 (MQ=255) tCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAgg > 1:7251242/1‑150 (MQ=255) tCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAgg > 2:5114431/1‑150 (MQ=255) aCGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTa > 2:1187580/1‑150 (MQ=255) aCGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTa > 1:1478992/1‑150 (MQ=255) aCGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTa > 2:3476466/1‑150 (MQ=255) ttcatCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCg > 2:8102467/1‑150 (MQ=255) ttcatCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCg > 1:2008187/1‑150 (MQ=255) tcatCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGa < 1:8236737/150‑1 (MQ=255) cctCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGaa < 1:3755065/148‑1 (MQ=255) catCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGGAGGTACTCGCCGaa < 1:5375662/150‑1 (MQ=255) catCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGaa < 1:7386483/150‑1 (MQ=255) catCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGaa < 1:3837278/150‑1 (MQ=255) catCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGaa < 1:5753/150‑1 (MQ=255) atCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAg > 1:6167563/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGt < 2:7532947/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGt > 1:2137122/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTGTCCACCGTCTAGTGCCCGCGCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCGCGTCTGGTAGGGCCGGTGCTCGCCGTAGt > 1:318344/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGTCa < 2:7439701/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGTCa > 1:5628570/1‑150 (MQ=255) aGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGTCAc > 2:4771326/1‑150 (MQ=255) aGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGTCAc > 1:6324575/1‑150 (MQ=255) 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ACAGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGTCACCGCGTTCGTCGGCCACCAGTACCACGTCGTACTCGGCAGTCTGGGTGAACAGCGGCATGTCGGCCTGGGCGCTGCGGCGCTGGTCGTTGTCGAAGGTCCAGGTTTTTTCCGC > NC_002947/3062641‑3062939 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |