| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,062,792 | A→T | 5.5% | Y258N (TAT→AAT) ‡ | PP_5538 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,062,792 | 0 | A | T | 5.5% | 1431.3 / 46.7 | 421 | Y258N (TAT→AAT) ‡ | PP_5538 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (194/204); new base T (15/8); total (209/212) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
AGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGTCACCGCGTTCGTCGGCCACCAGTACCACGTCGTACTCGGCAGTCTGGGTGAACAGCGGCATGTCGGCCTGGGCGCTGCGGCGCTGGTCGTTGTCGAAGGTCCAGGTTTTTTCCGCGA > NC_002947/3062643‑3062941 | aGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATa < 1:1710211/150‑1 (MQ=255) gCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATAc < 2:5684446/150‑1 (MQ=255) cATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCa < 1:5671465/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACg > 1:4366604/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGt > 2:3180429/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGt < 2:7069417/150‑1 (MQ=255) aGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCTACCAGACGTGGTATCCACGTcc < 1:4609518/150‑2 (MQ=255) aGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCt > 1:745106/1‑150 (MQ=255) aGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCt > 1:2025580/1‑150 (MQ=255) aGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCt > 1:6354705/1‑150 (MQ=255) cggcgAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGt < 1:6925839/150‑1 (MQ=255) ggcgAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTa < 1:5340430/150‑1 (MQ=255) gAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAggg < 2:1584767/150‑1 (MQ=255) aGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCa < 2:2031937/150‑1 (MQ=255) aGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCa < 1:3586936/150‑1 (MQ=255) gTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAg < 2:1969682/150‑1 (MQ=255) gTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAg > 2:2859431/1‑150 (MQ=255) aCGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTa > 2:1187580/1‑150 (MQ=255) aCGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTa > 1:1478992/1‑150 (MQ=255) tcattcatCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCg > 1:5606212/1‑150 (MQ=255) attcatCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACAGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGcc > 1:421068/1‑150 (MQ=255) ttcatCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCg > 1:2400508/1‑150 (MQ=255) ttcatCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCg > 1:4960101/1‑150 (MQ=255) 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AGCCATCCAGGCGGCGAAGTCACGGTCATTCATCCAGCGCCCGGCCTGGGCCTCGAAGCGTTTTTGCAACTGCGCCGCCCCGAAGGTTTCCACCGTCTTGTGCCAGCCCGTGGGGGTCAGGCCCTGGGTACCGGCCACCGGACGTGGATACCACGTCTGGTAGGGCAGGTACTCGCCGAAGTCACCGCGTTCGTCGGCCACCAGTACCACGTCGTACTCGGCAGTCTGGGTGAACAGCGGCATGTCGGCCTGGGCGCTGCGGCGCTGGTCGTTGTCGAAGGTCCAGGTTTTTTCCGCGA > NC_002947/3062643‑3062941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |