| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,081,086 | T→G | 7.3% | intergenic (‑42/+32) | PP_2685 ← / ← PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,081,086 | 0 | T | G | 7.3% | 821.9 / 43.3 | 311 | intergenic (‑42/+32) | PP_2685/PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (142/126); new base G (14/10); total (175/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
ACGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGTGACGC > NC_002947/3080938‑3081235 | aCGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTc < 2:2921463/150‑1 (MQ=255)aCGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATGAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTc < 2:5903397/150‑1 (MQ=255) gAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTcgc > 2:8794045/1‑150 (MQ=255) 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ccTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTAGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACAGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCCCCGCGGCGTACGCCCCAGACCCGGCAGGCCTCaaag > 1:7875659/1‑148 (MQ=255) ccTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCATGCCGCACTCGCGCCGCAAGACCCGTCTGAAGCCAGACAGTCACTGGCGATGCACCTGAAAGCTGGCCATCATCGATTAGGCGCCGCCGCCGCCGCCTACGCCCCAGACCCGGCAGGCATAAAgg > 2:2437427/1‑150 (MQ=255) cTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGt > 2:4333907/1‑150 (MQ=255) gtTGCGTGGGGAAGGGTCTTGCCGCACGCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCACGGTAGTcc < 1:8350773/150‑1 (MQ=255) ttGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCa > 2:7383623/1‑150 (MQ=255) 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cGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGt < 2:4600424/150‑1 (MQ=255) | ACGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGTGACGC > NC_002947/3080938‑3081235 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |