Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,257,489 | T→C | 6.4% | intergenic (+27/+216) | ureG → / ← PP_2851 | urease accessory protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,257,489 | 0 | T | C | 6.4% | 1200.8 / 42.2 | 387 | intergenic (+27/+216) | ureG/PP_2851 | urease accessory protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (182/177); new base C (9/16); total (192/195) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.93e-01 |
Only 100 of 391 total aligned reads displayed.
CGCGACACCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGCAACAATGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGG > NC_002947/3257340‑3257638 | gcgACACCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTc > 2:1714371/1‑150 (MQ=255) cgACACCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTcc < 1:175484/150‑1 (MQ=255) cccAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGcaca < 2:1138759/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACag > 2:3245077/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACag > 2:3365672/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACag > 2:8097719/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACag > 2:5265458/1‑150 (MQ=255) cAGCGCATGCGGCCTCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGACGGGAGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGTGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACaga < 2:3060294/150‑1 (MQ=255) cAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACaga < 1:599818/150‑1 (MQ=255) cAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACaga < 1:2461499/150‑1 (MQ=255) cAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGACATGCCCGCACaga < 1:6849193/150‑1 (MQ=255) cAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGACATGCCCGCACaga < 1:1674052/150‑1 (MQ=255) aGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCTACCTGATGAAGGGCGAGGGGTTGCTGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGACATGCCCGCACagat < 1:5198507/150‑2 (MQ=255) gcgcATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAgaga < 1:7280543/150‑1 (MQ=255) aTGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGTcctc < 1:4845887/150‑3 (MQ=255) aTGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCaa > 1:1221363/1‑150 (MQ=255) aTGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCaa > 2:364173/1‑150 (MQ=255) gCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCgg > 1:442952/1‑150 (MQ=255) cGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGtg < 2:8815516/150‑1 (MQ=255) gCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGtgg < 2:8554045/150‑1 (MQ=255) aGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGtggct < 1:2160683/150‑1 (MQ=255) aGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGtggct > 1:8575371/1‑150 (MQ=255) ccTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCAcc > 2:5363457/1‑150 (MQ=255) tGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCgg > 2:6686089/1‑150 (MQ=255) aCCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGcag < 2:6849674/150‑3 (MQ=255) ccTTCAGCAACCTGAAGAAAGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCGTGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGctct > 1:2789612/1‑150 (MQ=255) cTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTg > 2:3819611/1‑150 (MQ=255) ttCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGc > 1:3154698/1‑150 (MQ=255) aGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCgg > 2:486784/1‑150 (MQ=255) gCAACCTGAGGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGACCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGgt < 2:7828489/150‑1 (MQ=255) gCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGgt > 1:5692377/1‑150 (MQ=255) gCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGGTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCCTGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGgt < 2:5753657/150‑1 (MQ=255) acccTGAAGACGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGGGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCAGAGCCGgtgc < 1:1021760/148‑2 (MQ=255) aaCCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGgtgt > 1:1195800/1‑150 (MQ=255) ccTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCAc > 2:1781143/1‑133 (MQ=255) ccTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTc > 2:5912289/1‑150 (MQ=255) tGAAGACGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTcgc < 1:6661804/150‑1 (MQ=255) tGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTcgc > 2:1221203/1‑150 (MQ=255) tGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTcgc > 2:6768697/1‑150 (MQ=255) gaagaaGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTcgcg > 1:3876541/1‑150 (MQ=255) aagaagGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCgg > 2:277748/1‑150 (MQ=255) aagaagGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGGGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCgg < 1:2967419/150‑1 (MQ=255) gaagGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGt > 1:7917605/1‑150 (MQ=255) 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aGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCcgc < 1:492307/150‑1 (MQ=255) ggCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTa < 1:595877/150‑1 (MQ=255) gcgctCGACTCTATCGTCGAGCGCGGGAGGCTGGGGGCGCGCGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCgg < 2:8626642/146‑1 (MQ=38) gATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGcaa > 2:1012283/1‑150 (MQ=255) tttttATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGcaac < 1:6708164/149‑1 (MQ=255) tcgtcgAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGACTACGGTCGCGGCCGCAACAATGaa > 1:2348740/1‑150 (MQ=255) cgtcgAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGCAACAATGAAc > 1:4367165/1‑150 (MQ=255) tcgAGGGCGGGTTGCTGGGGTTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCTCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGCAACAATGAAcgg < 2:799118/150‑1 (MQ=255) tcgAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGCAACAATGAAcgg < 2:5189935/150‑1 (MQ=255) tcgAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGCAACAATGAAcgg > 1:4561074/1‑150 (MQ=255) 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aTGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGCAACAATGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg > 2:1267400/1‑150 (MQ=255) tGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGCAACAATGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgg < 1:4090464/150‑1 (MQ=255) | CGCGACACCCAGCGCATGCGGCCGCAGCGGCCCTGGACCTTCAGCAACCTGAAGAAGGGCGAGGGGTTGCAGGCCGTGATCGATTTTATCGTCGAGCGCGGGATGCTGGGGGTGCGAGGCTGACAGATCGAGGACTCTGTGCGGGCATGTCCGCACAGAGACCAACGCGGTGGCTGGCACCGGCTCTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCCGCAACAATGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGG > NC_002947/3257340‑3257638 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |