| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,377,114 | G→A | 6.4% | intergenic (‑50/‑69) | csoR ← / → PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,377,114 | 0 | G | A | 6.4% | 1161.1 / 42.3 | 373 | intergenic (‑50/‑69) | csoR/PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (183/165); new base A (11/13); total (194/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 399 total aligned reads displayed.
TCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCACACCTCT > NC_002947/3376965‑3377263 | tCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGACCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgg < 2:6516364/150‑1 (MQ=255) aTGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 1:3181199/150‑1 (MQ=255) tGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTggggg < 2:6229602/150‑1 (MQ=255) gCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCACATCCTATCCCCCTgggggg < 1:1889361/150‑1 (MQ=255) cTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTggggggg < 2:2474187/150‑1 (MQ=255) tGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGa > 2:1385215/1‑150 (MQ=255) tGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGa < 1:1352055/150‑1 (MQ=255) tGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGa > 2:7811262/1‑150 (MQ=255) tGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGa < 1:7050644/150‑1 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGat > 1:4750079/1‑150 (MQ=255) aCGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGata < 1:3961508/150‑1 (MQ=255) aCGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGata < 1:6647491/150‑1 (MQ=255) aCGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGata < 1:4622813/150‑1 (MQ=255) 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ttACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTg < 2:3871508/150‑1 (MQ=255) tCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGcc > 1:6667866/1‑150 (MQ=255) cATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTgg < 2:4094040/150‑1 (MQ=255) ccatATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGc > 1:5548798/4‑150 (MQ=255) catATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGcc > 1:2244190/3‑150 (MQ=255) catATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGcc > 1:6820520/3‑150 (MQ=255) catATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCAGCTTGATAGCCTGGGcc > 1:8202933/3‑150 (MQ=255) atATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCg > 2:8168712/2‑150 (MQ=255) aTCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCggg < 2:7735882/150‑1 (MQ=255) ccccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGcac > 1:5210632/1‑150 (MQ=255) cccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGcaca > 1:4151009/1‑150 (MQ=255) cccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGcaca > 2:7847573/1‑150 (MQ=255) | TCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCACACCTCT > NC_002947/3376965‑3377263 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |