| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,576,667 | C→G | 6.8% | P235R (CCG→CGG) ‡ | yneJ → | LysR family DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,576,667 | 0 | C | G | 6.8% | 1134.3 / 52.8 | 339 | P235R (CCG→CGG) ‡ | yneJ | LysR family DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (155/161); new base G (11/12); total (166/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
CTACGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTGAAGAAG > NC_002947/3576518‑3576816 | cTACGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGcc < 2:266984/150‑1 (MQ=255)cTACGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGcc > 1:8485297/1‑150 (MQ=255)cTACGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGcc < 1:5353309/150‑1 (MQ=255) 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gCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTc < 2:87183/150‑1 (MQ=255) ggCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTg < 2:4635551/150‑1 (MQ=255) tGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGt < 2:2805438/150‑1 (MQ=255) gagcATGCTGCGCGGCAGCATGGTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGtt > 2:8067458/4‑150 (MQ=255) agcATGCTGCGCGGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTg > 1:1401211/3‑150 (MQ=255) agcATGCTGCGCGGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTg > 1:4551657/3‑150 (MQ=255) agcATGCTGCGCGGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTg > 2:6053007/3‑150 (MQ=255) ccATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAGTATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGc > 1:3991051/1‑150 (MQ=255) ccATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCTGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGc < 2:5891046/150‑1 (MQ=255) cATGCTGCGCGGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCt > 1:4350032/1‑150 (MQ=255) gctgcCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTga > 2:6706172/1‑150 (MQ=255) gctgcCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTga < 2:4165839/150‑1 (MQ=255) ctgcCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTgaa < 1:8819880/150‑1 (MQ=255) ctgcCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTgaa < 1:5832174/150‑1 (MQ=255) ccGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTgaagaa < 1:5599332/150‑1 (MQ=255) ccGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTgaagaa > 2:5683516/1‑150 (MQ=255) cgcgCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTGaagaag > 1:2253282/1‑150 (MQ=255) | CTACGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGT‑ATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTGAAGAAG > NC_002947/3576518‑3576816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |