| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 296,484 | A→G | 5.7% | G507G (GGT→GGC) ‡ | gshA ← | glutamate‑‑cysteine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 296,484 | 0 | A | G | 5.7% | 1194.2 / 35.6 | 370 | G507G (GGT→GGC) ‡ | gshA | glutamate‑‑cysteine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (174/175); new base G (12/9); total (186/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
TTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAGCT > NC_002947/296335‑296633 | ttCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCa < 2:5150141/150‑1 (MQ=255)ttCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCa > 1:4277606/1‑150 (MQ=255)ttCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCa < 2:3244289/150‑1 (MQ=255) cGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCAcc < 1:997928/150‑1 (MQ=255) ggCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCg < 1:4668334/150‑1 (MQ=255) aCAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTc < 1:4427825/150‑1 (MQ=255) gCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCGGTGACTTCgac < 1:3489696/150‑3 (MQ=255) gCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGtt < 1:1945510/150‑1 (MQ=255) gCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTGTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCGGTGACTTCgac < 1:699010/150‑3 (MQ=255) cTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGttt < 1:2526439/150‑1 (MQ=255) aCGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGc > 1:7305938/1‑150 (MQ=255) aCGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCCGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGc < 2:8592370/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTc < 1:2758919/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTc > 2:7018416/1‑150 (MQ=255) gcAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCa < 1:5150469/150‑1 (MQ=255) cgccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCg < 2:3917327/150‑1 (MQ=255) gccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCg > 2:4100267/1‑149 (MQ=255) ccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGa > 1:4178550/1‑150 (MQ=255) 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ccTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAGCAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgc > 2:674122/1‑150 (MQ=255) ccTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgc < 1:1770711/150‑1 (MQ=255) aggcGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgc > 2:6262852/4‑150 (MQ=255) cTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgcg > 2:3387701/1‑150 (MQ=255) cGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTGTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgcgag < 1:7143720/150‑1 (MQ=255) tggcTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCggg < 2:5928545/150‑1 (MQ=255) ggcTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGc > 1:5335621/1‑150 (MQ=255) gctgctGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGcc > 1:3990370/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAACTCGGACTGCCTGGCCCGCGAGTCGCTCGCCa < 2:1863111/150‑1 (MQ=255) tgGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTg < 1:5501033/108‑1 (MQ=255) tgGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTg > 2:5501033/1‑108 (MQ=255) 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ggTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACt < 2:7321120/150‑1 (MQ=255) aaacGAAGTCGGTGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACt > 1:7133785/4‑150 (MQ=255) gTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTg < 2:5822728/150‑1 (MQ=255) aacGAAGTCGGTGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTg > 1:6605721/3‑150 (MQ=255) tCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTgg < 1:8678493/150‑1 (MQ=255) tCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTgg > 2:1698050/1‑150 (MQ=255) tCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTgg < 2:2998512/150‑1 (MQ=255) cGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGa < 1:4803821/150‑1 (MQ=255) cGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGa < 1:546817/150‑1 (MQ=255) cGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGa < 1:561567/150‑1 (MQ=255) gAAGTCACCGACGTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGAc > 1:8072564/1‑150 (MQ=255) aaGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACg > 2:5048831/1‑150 (MQ=255) aCCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGagagc < 2:1584744/150‑5 (MQ=255) aCCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAGct > 1:2919329/1‑150 (MQ=255) aCCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAGct > 1:3739202/1‑150 (MQ=255) aCCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAGct > 1:7521154/1‑150 (MQ=255) | TTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAGCT > NC_002947/296335‑296633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |