Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 296,486 | C→T | 5.5% | G507S (GGT→AGT) ‡ | gshA ← | glutamate‑‑cysteine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 296,486 | 0 | C | T | 5.5% | 1208.7 / 35.5 | 379 | G507S (GGT→AGT) ‡ | gshA | glutamate‑‑cysteine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (187/171); new base T (12/9); total (199/180) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
CGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAGCTCT > NC_002947/296337‑296635 | cGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGATCAGGTCGAAGTCAcc < 2:1351308/150‑1 (MQ=255) ggCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCg < 1:4668334/150‑1 (MQ=255) ccAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGAc < 2:219914/150‑1 (MQ=255) cAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACt > 1:4523406/1‑150 (MQ=255) aCAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCTGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTc < 1:3863036/150‑1 (MQ=255) gCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGTGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCGGTGACTTCgac < 1:755388/150‑3 (MQ=255) gCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGtt < 1:1945510/150‑1 (MQ=255) gCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTGTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCGGTGACTTCgac < 1:699010/150‑3 (MQ=255) gCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTGGGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCGGTGACTTCgac < 1:3454410/150‑3 (MQ=255) cTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGttt < 1:957940/150‑1 (MQ=255) cTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGttt < 1:2526439/150‑1 (MQ=255) cACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTg < 1:3963666/150‑1 (MQ=255) aCGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGc > 1:7305938/1‑150 (MQ=255) aCGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCCGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGc < 2:8592370/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTc > 2:7018416/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTc < 1:2758919/150‑1 (MQ=255) gcAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCa < 1:5150469/150‑1 (MQ=255) cgccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCg < 2:4796878/150‑1 (MQ=255) cgccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCg < 2:3917327/150‑1 (MQ=255) gccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCg > 2:4100267/1‑149 (MQ=255) gccAGGATCGAGGCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCgg > 1:3326321/1‑150 (MQ=255) gATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGc > 2:8678285/1‑150 (MQ=255) gATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTGTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGc < 1:684784/150‑1 (MQ=255) 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aggcGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgc > 2:6262852/4‑150 (MQ=255) cTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgcg > 2:2936223/1‑150 (MQ=255) cTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgcg > 2:3387258/1‑150 (MQ=255) tCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgcga < 1:4149501/150‑1 (MQ=255) cGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTGTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgcgag < 1:7143720/150‑1 (MQ=255) 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cgTGGTGTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGa < 1:5039451/150‑1 (MQ=255) ggTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAAtg < 1:2067797/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAAtgctt < 2:2476090/150‑1 (MQ=255) gcgcGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAAtgcttgc < 1:5256403/150‑1 (MQ=255) ggggTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGGTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCCGCGGCTCGAATGCTTgctgct > 2:4201439/1‑150 (MQ=255) tggtggtgCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTc < 1:4862995/150‑1 (MQ=255) agcaggtgCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTc < 1:3199864/146‑1 (MQ=255) gCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTc > 2:4154695/1‑150 (MQ=255) gCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTc > 1:8573332/1‑150 (MQ=255) gTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGc > 2:6412937/1‑150 (MQ=255) 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acgaACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGc > 2:2355939/1‑150 (MQ=255) acgaACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGc < 1:8737111/150‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGTGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCgag < 2:367600/150‑1 (MQ=255) aCAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCgaga > 2:5715363/1‑150 (MQ=255) aCAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCgaga > 1:4254188/1‑150 (MQ=255) 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aaacGAAGTCGGTGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACt > 1:7133785/4‑150 (MQ=255) gTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTg < 2:5822728/150‑1 (MQ=255) aacGAAGTCGGTGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTg > 1:6605721/3‑150 (MQ=255) cGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGa < 1:561567/150‑1 (MQ=255) cGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGa < 1:546817/150‑1 (MQ=255) cGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGa < 1:4803821/150‑1 (MQ=255) gTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGaa < 1:3702126/150‑1 (MQ=255) tCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAg > 2:5020178/1‑150 (MQ=255) tCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAg > 2:1779026/1‑150 (MQ=255) aCCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAGct > 1:2919329/1‑150 (MQ=255) cGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAGctct > 1:749226/1‑150 (MQ=255) | CGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGAGCGACTCGCGGGCCAGCGTCTCGAATGCTTGCTGCTTTTCGTTGCTCAGCGGTTGCTCGCGGAAAGTCTCGGCGTGCACACGGCTCTGGCGCAGCGAGAACTGGACGAAGCTCT > NC_002947/296337‑296635 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |