| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,685,730 | C→G | 5.3% | intergenic (+24/+20) | crtZ → / ← PP_3247 | beta‑carotene hydroxylase/bile acid/Na+ symporter family transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,685,730 | 0 | C | G | 5.3% | 1602.9 / 55.1 | 470 | intergenic (+24/+20) | crtZ/PP_3247 | beta‑carotene hydroxylase/bile acid/Na+ symporter family transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (192/252); new base G (14/11); total (207/263) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 477 total aligned reads displayed.
CACCGCGCGCACCGCTTGCACCATGCGGTGAAGGGGCGCACGGGGAGCGTGTCGTTCGGGTTCTTCTATGCGCCGCCGCTGAAGGTGTTGAAGCAGCAATTGCGCAGCAGGCGCAGCCAATCGTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATGGTCGCGTTGTTC > NC_002947/3685581‑3685879 | aCCGCGCGCACCGCTTGCACCATGCGGTGAAGGGGCGCACGGGGAGCGTGTCGTTCGGGTTCTTCTATGCGCCGCCGCTGAAGGTGTTGAAGCAGCAATTGCGCAGCAGGCGCAGCCAATCGTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCt > 1:4409950/1‑150 (MQ=255) cgcgcACCGCTTGCACCATGCGGTGAAGGGGCGCACGGGGAGCGTGTCGTTCGGGTTCTTCTATGCGCCGCCGCTGAAGGTGTTGAAGCAGCAATTGCGCAGCAGGCGCAGCCAATCGTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCg < 1:1775829/150‑1 (MQ=255) gcgcACCGCTTGCACCCTGCGGTGAAGGGGCGCACGGGGAGCGTGTCGTTCGGGTTCTTCTATGCGCCGCCGCTGAAGGTGTTGAAGCAGCAAGTGCGCAGCAGGCGCAGCCAATCGTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCgg < 2:7422103/150‑1 (MQ=255) 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gTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCa < 1:4962178/150‑1 (MQ=255) aCGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGcc < 2:7486431/150‑1 (MQ=255) aCGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGcc < 2:2285162/150‑1 (MQ=255) gCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCgg < 2:8809445/150‑1 (MQ=255) gCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCgg > 1:1088396/1‑150 (MQ=255) tCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCAc > 1:8321025/1‑150 (MQ=255) cccTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCGAGCTGTACAACGCAGCCGGCAcc > 2:5295956/1‑150 (MQ=255) cccTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCAcc > 1:2160099/1‑150 (MQ=255) cTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGc > 1:7897640/1‑150 (MQ=255) cccgatgCCCGGCAGGTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGcc > 2:6715833/7‑150 (MQ=255) ccgatgCCCGGCAGGTGCCGGGCGTCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCa > 1:8378948/6‑150 (MQ=255) cACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATg < 2:483458/150‑1 (MQ=255) aCGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATgg > 1:8720241/1‑150 (MQ=255) aCGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATgg > 2:8349350/1‑150 (MQ=255) ccGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATGGTcgc < 1:6728049/150‑1 (MQ=255) gCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATGGTCGCgtt < 1:7385594/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATGGTCGCgttgtt < 2:5624046/150‑1 (MQ=255) | CACCGCGCGCACCGCTTGCACCATGCGGTGAAGGGGCGCACGGGGAGCGTGTCGTTCGGGTTCTTCTATGCGCCGCCGCTGAAGGTGTTGAAGCAGCAATTGCGCAGCAGGCGCAGCCAATCGTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATGGTCGCGTTGTTC > NC_002947/3685581‑3685879 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |