| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,171,186 | A→C | 5.1% | intergenic (‑92/+71) | PP_3666 ← / ← creA | MHS family metabolite MFS transporter/creatinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,171,186 | 0 | A | C | 5.1% | 1234.9 / 36.9 | 364 | intergenic (‑92/+71) | PP_3666/creA | MHS family metabolite MFS transporter/creatinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (172/171); new base C (4/15); total (177/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
TCGGCGTTGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGACGATCAGG > NC_002947/4171039‑4171335 | tCGGCGTTGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAAc < 2:5543563/150‑1 (MQ=255) ttGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTTCACCcgcga < 2:1766936/150‑2 (MQ=255) ttGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGGACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTTCACCcgcga < 2:4438629/150‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |