| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,249,351 | G→C | 5.6% | S221R (AGC→AGG) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,249,351 | 0 | G | C | 5.6% | 1349.9 / 48.4 | 400 | S221R (AGC→AGG) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (187/189); new base C (13/9); total (200/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 408 total aligned reads displayed.
GGCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCTGTT > NC_002947/4249202‑4249500 | cGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCgg > 1:302317/1‑150 (MQ=255) tAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCgggg > 2:5984457/1‑150 (MQ=255) tAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGCCTGCCgggc < 2:3966779/150‑2 (MQ=255) 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acaGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCt > 1:5950664/1‑150 (MQ=255) gCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCt > 1:7815748/1‑150 (MQ=255) gAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTc < 2:8349460/150‑1 (MQ=255) gAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTc > 2:6588299/1‑150 (MQ=255) gAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTc > 1:3520654/1‑150 (MQ=255) 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ccGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATc < 1:8171283/150‑1 (MQ=255) ccGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATc > 1:2968285/1‑150 (MQ=255) cGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCa < 2:6139188/150‑1 (MQ=255) ccacccacCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGcc < 2:7552835/150‑1 (MQ=255) cacccaccCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCca < 2:8215903/150‑1 (MQ=255) cacccaccCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCca > 2:2779010/1‑150 (MQ=255) cccacccCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCcaca > 1:7058138/1‑150 (MQ=255) ccccATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATc > 1:6786780/1‑150 (MQ=255) ccccATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATc > 2:3598377/1‑150 (MQ=255) cATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATg < 2:4088806/150‑1 (MQ=255) 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cGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTggga < 1:6129144/150‑4 (MQ=255) cGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAg < 1:2297646/150‑1 (MQ=255) gCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCGGACggg > 2:5180475/1‑150 (MQ=255) tcagccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGt > 1:1389152/6‑150 (MQ=255) cATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGtt < 1:6583986/150‑1 (MQ=255) aTG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtg > 1:1257164/1‑150 (MQ=255) aTG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtg > 2:8472426/1‑150 (MQ=255) aTG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtg > 1:5565708/1‑150 (MQ=255) aTG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtg > 1:8022723/1‑150 (MQ=255) agccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtg > 2:1359730/4‑150 (MQ=255) ccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtgtg > 2:3352430/2‑150 (MQ=255) ccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtgtg > 1:5212288/2‑150 (MQ=255) ccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGACAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtgtg > 1:3969935/2‑150 (MQ=255) cGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCgg < 1:7156684/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCg < 1:2362494/96‑1 (MQ=255) ggCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCg > 2:2362494/1‑96 (MQ=255) aaagagCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCggg < 1:439768/145‑1 (MQ=255) cAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCt > 1:8503423/1‑150 (MQ=255) ggCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCTGt < 2:6091701/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCTGtt > 2:1657607/1‑150 (MQ=255) | GGCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCTGTT > NC_002947/4249202‑4249500 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |