| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,276,806 | G→A | 5.3% | R205C (CGC→TGC) | PP_3742 ← | glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,276,806 | 0 | G | A | 5.3% | 1151.8 / 32.9 | 358 | R205C (CGC→TGC) | PP_3742 | glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (172/167); new base A (16/3); total (188/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
GAGGTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGTCAACC > NC_002947/4276657‑4276955 | gatggatgCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCa > 1:4424817/1‑150 (MQ=255) ggatgCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCa > 1:7010622/1‑150 (MQ=255) tgCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCt < 1:3289203/150‑1 (MQ=255) gtcTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGCGCACGGCATcctga < 2:1310342/148‑5 (MQ=255) gCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTc < 1:1949047/150‑1 (MQ=255) ttATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCAt > 2:7270882/1‑150 (MQ=255) ttATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCAt > 1:4729095/1‑150 (MQ=255) ttATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCAt > 1:2109194/1‑150 (MQ=255) aTCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATAc < 2:4882727/150‑1 (MQ=255) tCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACg > 1:1877859/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACg > 1:3727776/1‑150 (MQ=255) ctgctgGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACgg < 2:4185370/150‑1 (MQ=255) tgctgGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACggg > 1:1648468/1‑150 (MQ=255) 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aaTGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGa < 2:7340237/150‑1 (MQ=255) aTGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGAc > 2:6568085/1‑150 (MQ=255) tGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACa < 2:8686142/150‑1 (MQ=255) tCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTc > 1:311949/1‑150 (MQ=255) tCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTc > 1:1055766/1‑150 (MQ=255) tCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTc > 1:7987575/1‑150 (MQ=255) gctgATGCCGCGCACGGCATCCGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCg > 1:5706536/4‑150 (MQ=255) gctgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCg > 1:7669485/4‑150 (MQ=255) aGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCgg < 2:6376816/150‑1 (MQ=255) aGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCgg < 2:5912653/150‑1 (MQ=255) tgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGc > 2:6715902/2‑150 (MQ=255) gATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCg > 2:1978851/1‑150 (MQ=255) gATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCg > 1:1478187/1‑150 (MQ=255) tGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGAt < 2:3727975/150‑1 (MQ=255) gcgcGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGTCaa < 2:5585514/150‑1 (MQ=255) gcgcGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGTCaa > 2:2313612/1‑150 (MQ=255) | GAGGTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGTCAACC > NC_002947/4276657‑4276955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |